Из участников совещания митрополит Сергий образовал Временный Патриарший Священный Синод, полномочия которого по аналогии с Временным Священным Синодом, образованным патриархом Тихоном в 1923 г., проистекали из полномочий учредителя. В состав Синода Заместитель Местоблюстителя включил также митрополита Новгородского Арсения (Стадницкого), пребывавшего уже много лет в ссылке в Туркестане и лишённого права выезда оттуда, а также только что выпущенных тогда на свободу архиепископов Самарского Анатолия (Грисюка) и Вятского Павла (Борисовского). 20 мая 1927 г. НКВД выдал справку о временной регистрации Синода. В акте митрополита Сергия об открытии Синода говорилось: «Проектируемый при мне Синод ни в какой степени не полномочен заменить единоличное возглавление Российской Церкви, но имеет значение лишь вспомогательного органа, лично при мне, как Заместителе первого епископа нашей Церкви. Полномочия Синода проистекают из моих и вместе с ними падают». В соответствии с этим разъяснением как сами участники Синода, так и их число определялись не избранием, а волей Заместителя Местоблюстителя совместно с членами Синода. В 1935 г. митрополит Сергий писал: «Учреждая восемь лет назад при себе Временный Патриарший Священный Синод..., я отнюдь не считал такой формы управления ни окончательной, ни наилучшей для нашей патриаршей Русской Церкви. Моё желание было: на первых своих шагах иметь около себя известных мне преосвященных архипастырей, чтобы с помощью их организовать и надлежащим образом направить работу нашего центрального церковного управления». Статус Временного Патриаршего Священного Синода стал одной из тем полемики митрополита Сергия с оппозицией «непоминающих». Протоиерей Василий Верюжский так формулировал в обращении к Заместителю Местоблюстителя одно из главных требований оппозиции: «Поставить Временный Патриарший Синод на то место, которое было определено ему при самом его учреждении в смысле совещательного органа, и чтобы распоряжения исходили только от имени Заместителя», а также «удалить из состава Синода пререкаемых лиц». Епископ Гдовский Димитрий (Любимов) в письме, обращённом к группе духовенства Ленинградской епархии, в качестве одной из причин своего отделения от митрополита Сергия называл «закрепление временного Синода, который, в сущности... простая канцелярия... в качестве соуправляющего Заместителю органа. Искажён сам патриарший образ управления Церковью». Против создания такого Синода также резко выступил митрополит Кирилл (Смирнов), сформулировавший свою позицию в 1929 г. в письме епископу Афанасию (Малинину).