При участии Василия Шуйского после убийства Лжедмитрия I был смещён с патриаршего престола грек Игнатий, которого отослали «под начал» в Чудов монастырь. Были назначены выборы нового патриарха. Ранее, сразу после переворота, Василий Иванович Шуйский принял решение перенести в Москву останки царевича Дмитрия. За ними был послан в Углич старец Филарет (Романов), которого первоначально и предполагали сделать патриархом. Участие близких к Романовым бояр Шереметевых в заговоре против Шуйского привело к тому, что царь остановил свой выбор на Казанском митрополите Гермогене. Когда останки царевича Дмитрия были привезены в Москву, царь, встретив их у городских ворот, сам отнёс мощи нового святого к месту его погребения в Архангельском соборе. Содействуя канонизации царевича, московские власти во главе с Василием Шуйским стремились предотвратить опасность появления новых самозванцев, которые выдавали бы себя за спасшегося «царя Димитрия». Позднее по приказу Василия Шуйского были торжественно перенесены в Троице-Сергиев монастырь останки его родственника и политического соперника – царя Бориса Годунова, а также его жены и сына. Для их гробниц по его приказу были изготовлены покровы с украшениями из золота, драгоценных камней и жемчуга, на 1 мая учреждена соборная панихида. В феврале 1607 г. по инициативе царя было принято решение пригласить в Москву из Старицы низложенного Лжедмитрием I патриарха Иова, чтобы просить у него прощения за нарушение крестного целования законному монарху – царю Фёдору Борисовичу Годунову, убитому по приказу самозванца. Летом 1606 г. началось восстание против Василия Ивановича Шуйского дворянства и мелкого служилого люда южных областей государства, получивших разные права и привилегии от Лжедмитрия I и боявшихся их утраты при новой власти. С распространением восстания к нему стали присоединяться казаки, беглые холопы, крестьяне. В ряде сражений правительственные войска были разбиты. В октябре 1606 г. восставшие под предводительством Ивана Исаевича Болотникова и Истомы Пашкова осадили Москву. 2 декабря 1606 г. сам Василий Шуйский вышел с войском в поле во время решающего сражения. Благодаря расколу в стане противника и помощи помещиков западных уездов страны восставшие были отброшены от Москвы. В марте 1607 г. Василий Иванович Шуйский при участии патриарха, освященного Собора и Боярской думы утвердил Уложение, которое должно было способствовать восстановлению и укреплению общественного порядка. Оно устанавливало 15-летний срок сыска беглых крестьян и холопов и вводило суровые санкции для тех, кто подговаривал к побегу или принимал беглых. На местные власти также возлагалась ответственность за сыск беглых и их возвращение к прежним хозяевам (в условиях непрекращающейся Смуты нормы Уложения не удалось применить на практике).