Такие источники, как первая редакция «Повести» Симеона Суздальца и рассказ великокняжеского свода 1479 г., подчёркивают, что сразу после чтения именно великий князь отказался принять благословение Исидора, назвал его не пастырем, а волком и предложил сместить с митрополичьего стола. Вслед за великим князем против Исидора выступило собравшееся духовенство. После споров русских духовных лиц с митрополитом он был помещён под арест в московский Чудов монастырь, «доколе... князь великий обошлется с Царимъгородом». Великий князь обратился к Константинопольскому патриарху. Сообщая о приезде Исидора, который «многа чюжа и странаа принесе в наше православное христианство», Василий Васильевич просил патриарха вместе с императором и Синодом рассмотреть принесённую Исидором папскую буллу. Одновременно он ходатайствовал о том, чтобы епископы на Руси получили право сами поставлять митрополита. Великим князем был предпринят первый шаг к установлению автокефалии Русской церкви. По-видимому, послание в Константинополь не было отправлено, т.к. в Москву пришли известия об утверждении на патриаршем престоле униата Митрофана II (1440–1443 гг.). В 1442 г., узнав о низложении митрополита Исидора, к Василию Васильевичу обратились афонские старцы, которые писали, что эти действия ободрили противников унии в Византии, и просили у великого князя помощи против императора и патриарха, принявших унию. В ответном письме, восхваляя афонских отцов за преданность православию и духовное наставление, великий князь выразил желание и далее поддерживать с ними связь. Действия великого князя, свидетельствующие о его активном участии в решении вопросов, связанных с судьбами Русской церкви и вселенского православия, дают основание признать достоверными известия об участии Василия Васильевича в Соборе русских епископов, который избрал в декабре 1448 г. митрополитом Рязанского епископа Иону, что явилось началом фактической автокефалии Русской церкви. Заключив в августе 1449 г. соглашение о мире и союзе против татар с литовским великим князем Казимиром, Василий Васильевич получил возможность способствовать тому, что в январе 1451 г. Казимир и его Рада передали Ионе «столець митрополич Киевский и всеа Руси, как первее бывало». Для укрепления связей с западными епархиями митрополии великий князь в январе 1456 г. торжественно передал посетившему Москву Мисаилу, епископу Смоленскому, Смоленскую икону Божьей Матери, которая находилась в Благовещенском соборе Московского Кремля. Вместе с ней великий князь передал епископу и многие другие иконы, «златом же, камением и жемчюгом украшены». В начале 1450 гг. в Москве получили известие об отъезде из Константинополя в Рим униатского патриарха Григория III Маммы (1443–1450 гг.), что было воспринято как свидетельство разрыва унии.