С того времени произошли серьёзные изменения политической ситуации в стране, в монархическом движении возникли внутренние распри. Для определения тактики действий монархистов в послесмутное время, для примирения враждующих, для объединения сил съезд был необходим. С инициативой созыва съезда совместно с протоиереем Восторговым выступили видные правые деятели: архимандрит Макарий (Гневушев), В.М. Пуришкевич, миссионер Иван Георгиевич Айвазов и профессор Владислав Францевич Залеский. Однако их противники заподозрили в этом тайные намерения. Решительным противником созыва съезда выступил Главный Совет СРН. Форум всё-таки состоялся – Московский съезд (Съезд Русских Людей в Москве 27 сентября –4 октября 1909 г.). В его работе приняли участие многие видные деятели монархического движения: два архиерея – епископ Серафим (Чичагов), почётный председатель съезда, и епископ Стефан (Архангельский); три будущих архиерея – архимандрит Макарий (Гневушев), иеромонах Нестор (Анисимов) и (в ту пору протоиерей) будущий епископ Селенгинский Ефрем (Кузнецов); депутаты Государственной Думы В.М. Пуришкевич и Георгий Алексеевич Шечков, известные правые деятели И.Г. Айвазов, В.Ф. Залеский, Н.Н. Родзевич, К.П. Пасхалов, Р.Ф. Еленев, К.П. Степанов, Б.В. Лазаревский и др. Однако попытка объединения не удалась: Московский съезд проигнорировали как сторонники А.И. Дубровина, так и сторонники Николая Евгеньевича Маркова. 13 марта 1910 г. император принял депутацию московских монархистов во главе с протоиереем Восторговым, а 9 мая 1910 г. отец Иоанн отбыл в очередную поездку по Сибири и Дальнему Востоку. В 1910 г. он организовал Братство Воскресения Христова в Харбине. Возвращаясь в Москву, Восторгов организовал в Иркутске 25 июля 1910 г. Общемиссионерский сибирский съезд, на котором сделал доклад о задачах православных миссионеров в Сибири. В работе съезда приняли участие крупные знатоки сектантства и старообрядчества (В.М. Скворцов, Н.М. Гринякин и отец Д. Александров). Сразу после окончания миссионерского съезда 8 августа 1910 г. под руководством Иоанна Восторгова состоялось совещание представителей сибирских монархических организаций, в работе которого приняли участие руководители патриотических организаций Владивостока, Никольска-Уссурийского, Читы, Красноярска, Томска, Иркутска и других городов. На этом совещании он выступил с речью о задачах монархистов на окраине России. В 1910 г. протоиерей Восторгов проявил себя и на ином поприще. При Московском обществе содействия религиозно-нравственному и патриотическому воспитанию детей, которым руководила княгиня Софья Александровна Голицына, был создан Союз христианских матерей под председательством графини Зинаиды Васильевной Коновницыной. По их просьбе протоиерей Восторгов проводил раз в неделю богословские беседы в Союзе. В феврале 1910 г. княгиня С.А. Голицына обратилась к митрополиту Московскому Владимиру (Богоявленскому) с просьбой разрешить открыть при обществе женские научно-богословские курсы. 5 февраля 1910 г. владыка Владимир одобрил идею и поручил устройство курсов Иоанну Восторгову, который разработал их Устав. 15 сентября митрополит одобрил рапорт протоиерея Восторгова об открытии курсов и назначил его заведующим ими. Курсы официально назывались «Женские богословские курсы в Москве при Союзе христианских матерей Общества содействия религиозно-нравственному и патриотическому воспитанию детей». Они были открыты 11 октября 1910 г., на них записалось 130 чел. Занятия проходили два раза в неделю по средам и пятницам с 6 до 9 часов вечера. Впоследствии, 8 ноября 1916 г. (задержка произошла из-за начавшейся войны) на базе этих курсов были открыты Высшие богословско-педагогические курсы при Скорбященском монастыре. В том же 1910 г. по инициативе князя Николая Давыдовича Жевахова был поднят вопрос о строительстве в итальянском г. Бари, где почивают святые мощи святителя Мир Ликийских Николая Чудотворца, подворья и странноприимного дома. Палестинское общество поддержало эту инициативу, и уже с 4 по 30 января 1911 г. в Бари была командирована делегация, чтобы купить участок земли для подворья. Протоиерей Восторгов, как пожизненный член общества, был в составе этой делегации. Не переставал он заботиться и о духовных нуждах сибирских переселенцев. Пастырские курсы, готовившие священнослужителей и псаломщиков для епархий Сибири и Дальнего Востока работали в 1911–1912 гг. Непременным заведующим этими курсами был протоиерей Восторгов. В 1913 г. появились слухи о готовящемся назначении его настоятелем Казанского собора в Санкт-Петербурге. Недоброжелатели Восторгова активизировались. Редактор-издатель еженедельника «Дым Отечества», один из лидеров русских националистов, Александр Львович Гарязин 15 мая 1913 г. опубликовал открытое письмо митрополиту Санкт-Петербургскому Владимиру (Богоявленскому) по поводу этих слухов, в котором призывал владыку не назначать «этого человеконенавистника», который «гонится за славой и деньгами» (ходячие формулировки противников протоиерея Восторгова). Как бы то ни было, но 31 мая 1913 г. Иоанн Восторгов был назначен настоятелем другого крупного храма – Покровского собора на Рву (Василия Блаженного), в самом центре Москвы.