Там кафедральный собор был разрушен, осталась только церковь Сергия Радонежского, в которой служили священники-обновленцы. Протоиерей Михаил Андреев требовал от епископа Луки освятить этот храм; после отказа от этого Андреев перестал ему подчиняться и доложил обо всём местоблюстителю патриаршего престола Сергию, митрополиту Московскому и Коломенскому, который стал пытаться перевести Луку то в Рыльск, то в Елец, то в Ижевск. По совету ссыльного Новгородского митрополита Арсения Лука подал прошение об увольнении на покой, которое было удовлетворено. Однако профессор Войно-Ясенецкий не был восстановлен на работу ни в городскую больницу, ни в университет, занялся частной практикой. По воскресным и праздничным дням Валентин Феликсович служил в церкви, а дома принимал больных, число которых достигало четырёхсот в месяц. Кроме того, вокруг хирурга постоянно находились молодые люди, добровольно помогавшие ему, учились у него, а тот посылал их искать по городу и приводить больных бедных людей, которым нужна врачебная помощь. Тогда же он отправил на рецензирование в государственное медицинское издательство экземпляр законченной монографии «Очерки гнойной хирургии» (после годового рассмотрения она была возвращена с одобрительными отзывами и рекомендацией к публикации после незначительной доработки). 5 августа 1929 г. покончил с собой профессор-физиолог Среднеазиатского (бывшего Ташкентского) университета Иван Петрович Михайловский (1877–1929 гг.), который вёл научные исследования по превращению неживой материи в живую, и пытавшийся воскресить своего умершего сына (психическое расстройство и самоубийство стало итогом его работ). Его жена обратилась к профессору Войно-Ясенецкому с просьбой провести похороны по христианским канонам (для самоубийц это возможно только в случае сумасшествия); Валентин Феликсович подтвердил его сумасшествие медицинским заключением. Во второй половине 1929 г. ОГПУ было сформировано уголовное дело: якобы убийство Михайловского было совершено его «суеверной» женой, имевшей сговор с Войно-Ясенецким, чтобы не допустить «выдающегося открытия, подрывающего основы мировых религий». 6 мая 1930 г. Валентин Феликсович был арестован, обвинялся по статьям 10–14 и 186 п.1 УК Узбекской ССР. Войно-Ясенецкий объяснял свой арест ошибками местных чекистов и из тюрьмы писал руководителям ОГПУ с просьбами выслать его в сельскую местность Средней Азии, затем – с просьбой выслать из страны, в том числе председателю СНК Алексею Ивановичу Рыкову (1881–1938 гг.). В качестве аргументов в пользу своего освобождения и отправки в ссылку он писал о скорой возможности публикации «Очерков гнойной хирургии», которые пошли бы на пользу советской науке – и предложение основать клинику гнойной хирургии. По запросу МедГиза подследственному Войно-Ясенецкому была передана рукопись, которую он заканчивал в тюрьме, как и начинал. Во второй половине августа 1931 г. Войно-Ясенецкий прибыл в Северный край. Сначала он отбывал заключение в ИТЛ «Макариха» возле города Котлас, вскоре на правах ссыльного был переведён в Котлас, затем – в Архангельск, где вёл амбулаторный приём (в 1932 г. он поселился у потомственной знахарки В.М. Вальнёвой). Оттуда его вызывали в Москву, где особый уполномоченный коллегии ГПУ предлагал хирургическую кафедру в обмен за отказ от священнического сана. После освобождения в ноябре 1933 г. Валентин Феликсович ездил в Москву, где встречался с митрополитом Сергием, но отказался от возможности занять какую-либо архиерейскую кафедру, потому что надеялся основать НИИ гнойной хирургии. Войно-Ясенецкий получил отказ наркома здравоохранения Евграфа Григорьевича Фёдорова, но, тем не менее, сумел добиться публикации «Очерков гнойной хирургии», которая должна была состояться в первом полугодии 1934 г. Далее он по совету одного из архиереев «без всякой разумной цели» поехал в Феодосию, затем «принял бестолковое решение» поехать в Архангельск, где два месяца вёл приём в амбулатории. «Немного опомнившись», уехал в Андиджан, а потом вернулся в Ташкент. Весной 1934 г. Войно-Ясенецкий возвращается в Ташкент, а затем переезжает в Андиджан, где оперирует, читает лекции, руководит отделением Института неотложной помощи. Здесь он заболевает лихорадкой паппатачи, грозящей потерей зрения (осложнение дало отслойку сетчатки левого глаза). Две операции на левом глазу не принесли результата, епископ слепнет на один глаз. Осенью 1934 г. он издал монографию «Очерки гнойной хирургии», которая приобрела мировую известность. Несколько лет профессор Войно-Ясенецкий возглавлял главную операционную в Институте неотложной помощи Ташкента, мечтал об основании института гнойной хирургии, чтобы передать громадный врачебный опыт. На Памире во время альпинистского похода заболел бывший личный секретарь В.И. Ленина Николай Петрович Горбунов (1892–1938 гг.). Его состояние оказалось крайне тяжёлым, что вызывало всеобщее смятение, из Москвы о его здоровье лично запрашивал Вячеслав Михайлович Молотов (1890–1986 гг.).