Вот фрагмент допроса епископа Луки: «…Я тоже полагаю, что очень многое в программе коммунистов соответствует требованиям высшей справедливости и духу Евангелия. Я тоже полагаю, что власть рабочих есть самая лучшая и справедливая форма власти. Но я был бы подлым лжецом перед правдой Христовой, если бы своим епископским авторитетом одобрил бы не только цели революции, но и революционный метод. Мой священный долг учить людей тому, что свобода, равенство и братство священны, но достигнуть их человечество может только по пути Христову – пути любви, кротости, отвержения от себялюбия и нравственного совершенствования. Учение Иисуса Христа и учение Карла Маркса – это два полюса, они совершенно несовместимы, и потому Христову правду попирает тот, кто, прислушиваясь к Советской власти, авторитетом церкви Христовой освящает и покрывает все её деяния». В заключении епископам Андрею, Луке и протоиерею Михаилу приписывались обвинения: невыполнение распоряжений местной власти – продолжение существования союза приходов, признанного местной властью незаконным; агитация в помощь международной буржуазии – распространение обращения патриарха Сербии, Хорватии и Словенского королевства Лазаря, говорящего о насильственном свержении патриарха Тихона и призывающее поминать в Королевстве Сербии всех «пострадавших» и «принявших муки» контрреволюционеров; распространение ложных слухов и непроверенных сведений союзом приходов, дискредитирующих Советскую власть – внушение массам якобы неправильного осуждения патриарха Тихона; возбуждение масс к сопротивлению постановлениям Советской власти – рассылкой воззваний союзом приходов; присвоение незаконно существующему союзу приходов административных и публично правовых функций – назначение и смещение священников, административное управление церквами. Учитывая политические соображения, слушание дела гласным порядком было нежелательным, поэтому дело было передано не в Реввоентрибунал, а в комиссию ГПУ. Именно в Ташкентской тюрьме Валентин Феликсович закончил первый из «выпусков» (частей) давно задуманной монографии «Очерки гнойной хирургии». 9 июня 1923 г. епископ Лука и протоиерей Михаил Андреев были освобождены под подписку о выезде на следующий день в Москву в ГПУ. Всю ночь квартира епископа была наполнена прихожанами, пришедшими проститься. Утром многие прихожане легли на рельсы, пытаясь удержать святителя в Ташкенте. Прибыв в Москву, святитель зарегистрировался в НКВД на Лубянке, но ему объявили, что он может прийти через неделю. За эту неделю епископ Лука дважды бывал у патриарха Тихона и один раз вместе с ним совершал богослужение. Вот как Лука описывает в своих воспоминаниях один из допросов: «На допросе чекист спрашивал меня о моих политических взглядах и о моём отношении к Советской власти. Услышав, что я всегда был демократом, он поставил вопрос ребром: „Так кто Вы – друг или враг наш?“ Я ответил: „И друг и враг. Если бы я не был христианином, то, вероятно, стал бы коммунистом. Но Вы возглавили гонение на христианство, и поэтому, конечно, я не друг Ваш“». После долгого следствия 24 октября 1923 г. комиссия НКВД вынесла решение о высылке епископа в Нарымский край. 2 ноября Лука был переведён в Таганскую тюрьму, где находился пересыльный пункт. В свою первую ссылку он отправился в конце ноября, местом которой первоначально был назначен Енисейск. Поездом ссыльный епископ добрался до Красноярска, далее 330 километров санного пути, ночью останавливался в какой-либо деревне. В одной из них он сделал операцию по удалению секвестра у больного остеомиелитом плечевой кости. В дороге познакомился с едущим в ссылку протоиереем Иларионом Голубятниковым. Прибыв в Енисейск 18 января 1924 г., Валентин Феликсович стал вести приём, и желающие попасть к нему записывались на несколько месяцев вперёд. Помимо этого, епископ Лука стал совершать богослужения на дому, отказываясь служить в обновленческих церквах. Там же к епископу обратились две послушницы недавно закрытого женского монастыря, рассказавшие о бесчинствах комсомольцев, совершённых при закрытии монастыря. Валентин Феликсович постриг их в монашество, дав имена своих небесных покровителей: Валентина и Лукия. Рост популярности епископа вынудил ГПУ отправить его в новую ссылку в деревню Хая, 120 вёрст севернее села Богучаны. 5 июня посыльный ГПУ привёз приказ о возвращении в Енисейск. Там епископ несколько дней провёл в тюрьме в одиночной камере, а после продолжил частную практику и богослужения на квартире и в городском храме. 23 августа епископ Лука был отправлен в новую ссылку – в Туруханск. После прибытия епископа в Туруханск его встречала толпа людей, на коленях просившая благословения. Профессора вызвал председатель крайкома В.Я. Бабкин, который предложил сделку: сокращение срока ссылки за отказ от сана, но епископ Лука решительно отказался „бросать священную дурь“.