Летом 1921 г. в Ташкент были доставлены из Бухары раненые и обожжённые красноармейцы. За несколько суток пути у многих из них под повязками образовались колонии из личинок мух. Они были доставлены в конце рабочего дня, когда в больнице остался только дежурный врач. Он осмотрел только нескольких больных, состояние которых вызывало опасение (остальные были лишь подбинтованы). К утру между пациентами клиники ходил слух о том, что врачи-вредители гноят раненых бойцов, у которых раны кишат червями. Чрезвычайная следственная комиссия арестовала всех врачей, включая профессора П. П. Ситковского. Начался скорый революционный суд, на который были приглашены эксперты из других лечебных учреждений Ташкента, в том числе профессор Войно-Ясенецкий. Стоявший во главе ташкентского ЧК латыш Яков Христофорович Петерс (1886–1938 гг.) решил сделать суд показательным и сам выступал на нём общественным обвинителем. Когда слово получил Войно-Ясенецкий, то решительно отверг доводы обвинения: «Никаких червей там не было. Там были личинки мух. Хирурги не боятся таких случаев и не торопятся очистить раны от личинок, так как давно замечено, что личинки действуют на заживление ран благотворно». Тогда Петерс спросил: «Скажите, поп и профессор Ясенецкий-Войно, как это вы ночью молитесь, а днём людей режете?» Отец Валентин ответил: «Я режу людей для их спасения, а во имя чего режете людей Вы, гражданин общественный обвинитель?» Следующий вопрос: «Как это Вы верите в Бога, поп и профессор Ясенецкий-Войно? Разве Вы его видели, своего Бога?» – «Бога я действительно не видел, гражданин общественный обвинитель. Но я много оперировал на мозге и, открывая черепную коробку, никогда не видел там также и ума. И совести там тоже не находил». Обвинение провалилось. Вместо расстрела П.П. Ситковский и его коллеги были приговорены к 16 годам тюрьмы, но уже через месяц их стали отпускать на работу в клинику, а через два – совсем освободили. Весной 1923 г., когда съезд духовенства Ташкентской и Туркестанской епархии рассматривал отца Валентина в качестве кандидата на должность архиерея, под руководством ГПУ было сформировано Высшее Церковное Управление (ВЦУ), которое предписывало епархиям переходить к обновленческому движению. Под его давлением епископ Иннокентий был вынужден уехать из Ташкента, а отец Валентин и протоиерей Михаил Андреев взяли на себя управление епархиальными делами и сплотили вокруг себя священников – сторонников патриарха Тихона (1917–1925 гг.). В мае 1923 г. в Ташкент прибыл ссыльный Уфимский  епископ Андрей (Ухтомский), который незадолго до того встречался с патриархом Тихоном, был им назначен епископом Томским и получил право избирать кандидатов для возведения в сан епископа и тайным образом рукополагать их. Вскоре Валентин Феликсович был пострижен в монахи в собственной спальне с именем Луки и наречён епископом Барнаульским, викарием Томской епархии. Поскольку для присвоения епископского сана необходимо присутствие двух или трёх епископов, Валентин Феликсович поехал в город Пенджикент недалеко от Самарканда, где отбывали ссылку два архиерея – епископ Волховский Даниил (Троицкий) и епископ Суздальский Василий (Зуммер). Хиротония с наречением архиерея Луки титулом епископа Барнаульского состоялась 31 мая 1923 г., и патриарх Тихон, когда узнал о ней, утвердил её законной. Из-за невозможности отъезда в Барнаул, епископ Андрей предложил Луке возглавить Туркестанскую епархию. Получив согласие настоятеля кафедрального собора, в воскресенье, 3 июня, в день памяти равноапостольных Константина и Елены, епископ Лука отслужил свою первую воскресную всенощную литургию в кафедральном соборе. На следующий день в стенах ТГУ состоялся студенческий митинг, на котором было принято постановление с требованием увольнения профессора Войно-Ясенецкого. Однако руководство университета отвергло это постановление и даже предложило Валентину Феликсовичу руководить ещё одной кафедрой, но он сам написал заявление об уходе. 5 июня Валентин Феликсович в последний раз, уже в епископском облачении, присутствовал на заседании Ташкентского научного медицинского общества при ТГУ, а 6 июня в газете «Туркестанская правда» появилась статья «Воровской архиепископ Лука», призывавшая к его аресту. Вечером 10 июня, после Всенощного бдения, он был арестован. Епископу Луке, а также арестованным с ним епископу Андрею и протоиерею Михаилу Андрееву были предъявлены обвинения по статьям 63, 70, 73, 83, 123 Уголовного кодекса. Ходатайства прихожан об официальной выдаче заключённых и ходатайства больных о консультации Войно-Ясенецкого были отклонены. 16 июня 1923 г. Лука написал завещание, в котором призывал мирян оставаться верными патриарху Тихону, противостоять церковным движениям, выступающим за сотрудничество с большевиками (оно было передано на волю через верующих сотрудников тюрьмы): «…Завещаю вам: непоколебимо стоять на том пути, на который я наставил вас. …Идти в храмы, где служат достойные иереи, вепрю не подчинившиеся. Если и всеми храмами завладеет вепрь, считать себя отлучённым Богом от храмов и ввергнутым в голод слышания слова Божьего. …Против власти, поставленной нам Богом по грехам нашим, никак нимало не восставать и во всём ей смиренно повиноваться».