Позднее, ещё до освобождения Константинополя, церковь была выкуплена православными и вошла в юрисдикцию Константинопольских патриархов, живших в изгнании в Никее. В 1348 г. пираты разграбили храм и убили несколько священников. 29 февраля 1434 г. на деревянной крыше храма возник пожар, полностью уничтоживший постройку, и она больше не восстанавливалась. Все святыни храма были утрачены. Руины церкви (или какой-то части дворца Влахерн) были известны в Стамбуле до XIX в. Несмотря на разорение, среди православного населения Османской империи источник пользовался большим почитанием. К нему совершались крестные ходы в субботу Акафиста и на праздник Положения Честной ризы Божьей Матери (2 июля). Вода из этого источника протекала под городской стеной и впадала в море. От XVII в. сохранились свидетельства о чуде, когда в день потопления вражеского флота (2 июля) вода в море, куда впадал источник, становилась кровавой и сохраняла этот цвет до 1 сентября («Оберегает всё то место, откуда течёт святая вода, русская полонянка, для того, что ей указано с тех людей, кто к святой воде придёт, брать по деньге с человека, и тем она питается»). Лишь в 1867 г. землю со святым источником приобрела греческая гильдия скорняков и построила над святыней небольшую церковь (турецкий Аязма-килисе), сохранившуюся до настоящего времени (находится на попечении Константинопольского патриархата). В 1964 г. она была украшена фресками на сюжеты, связанные с историей храма. Справа от алтарной преграды помещены купель чудотворного источника и мраморный фонтан для сбора святой воды. Как полагают исследователи, церковь святителя Николая Чудотворца находилась за пределами городских стен недалеко от ворот Влахерн в сотне метров от берега Золотого Рога. Впервые существование храма зафиксировано в 626 г. в связи с аварской осадой Константинополя. Храм пострадал, но впоследствии был восстановлен, по мнению исследователей, в правление императора Льва V (813–820 гг.); упоминается Анной Комниной в связи с попыткой штурма Константинополя крестоносцами в 1097 г. Последний раз церковь упоминается в источниках в 1350 г., когда её посетил русский паломник Иоанн Новгородец. Церковь святых апостолов Петра и Марка, согласно Константинопольскому Синаксарю (Х в.), построена при императоре Льве I (457–474 гг.) патрикиями Гальбием и Кандидом и первоначально предназначалась для хранения ризы Богородицы, перевезённой ими в Константинополь из Палестины (однако затем по приказу императора перенесена в храм Богородицы). Церковь существовала в течение всей истории Византии. Согласно рукописи, там находилось изображение двух её основателей, предстоящих Богородице, ангелов и святых Иоанна Крестителя и Конона по бокам (местонахождение храма в настоящее время считается не установленным). Комплекс Атик-Мустафа-паша-джами – единственное церковное здание византийской эпохи, сохранившееся во Влахернах. Время возникновения постройки остаётся спорным (датировки между XI и началом XIII вв.). Здание представляет собой крестово-купольный храм с тремя апсидами и куполом на парусах, не сохранилась часть сводов и барабан. Храм традиционно связывался с церковью во имя святых Петра и Марка, построенной в V в. императором Львом I, однако в настоящее время это отождествление исследователями отвергнуто. В начале XVI в. великим везиром султана Баязида II Мустафа-пашой храм превращён в мечеть, с юго-запада к нему пристроен минарет. Постройка пострадала от пожара в 1729 г. и от землетрясения в 1894 г., но быстро восстанавливалась. В 1970 гг. при реставрации обнаружены остатки византийских фресок. Свидетельства разновременных источников о святынях во Влахернах, связанных с Пресвятой Богородицей, плохо согласуются между собой или зачастую друг другу противоречат. По мнению С. Манго, в V в. в храм-реликварий Агия-Сорос церкви Богородицы во Влахернах был положен мафорий – плат, покрывавший голову и плечи Богородицы (впервые подробно описан в IX в.; «мафорием» назван в X в.). Из двух версий его появления в Константинополе С. Манго отдаёт предпочтение той, где говорится о перенесении мафория патрикиями Гальбием и Кандидом при императоре Льве I. Важнейшим свидетельством в её поддержку исследователь признаёт гомилию Феодора Синкелла 624/625 г., написанную по случаю возвращения мафория во Влахерны после временного укрытия в столице от авар. Однако Андрей Критский (около 660 – 740 гг.) сообщает о пребывании во Влахернах пояса Богородицы (этот пояс или его часть с X в. хранился также в церкви Богородицы Халкопратийской в Константинополе), а в другом источнике VIII в. впервые упоминаются погребальные пелены и гиматий Пресвятой Богородицы. В позднейших сообщениях эти реликвии постоянно смешивались. В проповеди патриарха Евфимия II (907–912 гг.) говорится о влахернском поясе Богородицы, излечившем в 906 г. Зою, жену императора Льва VI.