Подписи также были сделаны на двух языках, по-латыни и по-гречески. С востока на запад на северной колоннаде изображены: Распятие, апостол Иоанн Богослов, Богородица с Младенцем (Галактотрофуса), святые Катальд, Дамиан, Косма, Леонард (как полагают исследователи, Лиможский), Георгий Победоносец, Евфимий Великий, Антоний Великий, Макарий Великий; на южной – святые Маргарита (Марина), Фуска, Онуфрий Великий, пророк Илия (с двумя воронами), Иоанн Креститель, Викентий, Олаф Норвежский, Кнут Датский, первомученик Стефан, Савва Освященный, Феодосий Великий. На южной колоннаде – Богородица с Младенцем (Одигитрия; три колонны без росписи); св. Маргарита (Мария), правоверная Анна с младенцем Марией и папа Лев Великий, Богородица с Младенцем (Гликофилуса) и священномученик Власий (две колонны без росписи); апостолы Варфоломей и Иаков, брат Господень. Как полагают исследователи, к оконной декорации относились фрагменты расписного оконного стекла в пещерах под северным трансептом, ассоциируемых с Иеронимом (собраны при работах 1962–1964 гг.). Представляющие в стилистическом отношении смесь романо-готических и византийских элементов, росписи церкви Рождества в целом являли пример смешения политических, культурных и художественных тенденций Запада и Востока в Святой земле в эпоху латинского господства. Полы базилики были мраморными: в «Хождении» игумена Даниила они описаны как белые; описания более поздних паломников позволяют исследователям предположить цветную мозаичную выкладку мрамором в итальянском стиле братьев Космати (эти полы были похищены турками между 1596 и 1626 гг.). Мрамор покрывал также нижние части стен (в настоящее время следов облицовки не сохранилось). Считается, что главный престол храма был выполнен около 1185 г. неким Иоанном из Вюрцбурга. Снаружи с запада базилику в XII в. фланкировали башни-колокольни (по обеим сторонам нартекса; на первом этаже северной башни располагалась часовня с расписанными стенами). Крышу базилики, крытую свинцом по балкам, упоминают многие паломники XII–XIII вв., но какой была её внутренняя форма (кессонированная, как в VI в., или открытая стропильная конструкция, как в современном виде), исследователи не выяснили. Теодорих в 1170 гг. писал также о венчавшей кровлю звезде из золочёной меди. В XII в. базилика была обстроена новыми зданиями монастырей, весь комплекс окружила оборонительная стена с прямоугольными выступающими башнями. Главный вход вёл через башню на западной стороне, её руины ещё были видны в конце XVI в. (основание раскопано в 1932 г.). Одна из башен (16,4х18,4 м, в юго-восточном углу, с основанием из рустованных блоков) напоминает донжон. В базилике был собран целый ряд реликвий. Пилигримы упоминают о столе, на который волхвы возложили свои дары. Около 1130 г. в гробнице, на западной стороне хора, были положены мощи св. Иосифа Аримафейского. Отмечены также клещи (pincers), которыми св. Иосиф снимал с креста тело Христа. Один из гвоздей Распятия и молот (упомянут около 1170 г.) и рука апостола Фомы, возможно, полученные при разграблении Константинополя в 1204 г. Упоминаются также мощи невинно убиенных младенцев Вифлеемских. После взятия Вифлеема мусульманской армией под началом Салах ад-Дина (15 сентября 1187 г.) латинский епископ и клир были изгнаны из базилики Рождества. Через пять лет двум священникам и диакону было разрешено вернуться, но сам храм был отдан в распоряжение восточным (сирийским) христианам, которые продолжили его украшение в православном стиле. От этого периода сохранились резные деревянные двери главного западного портала (датированы на армянском и арабском языках – 1227 г.). В 1229 г. Вифлеем был возвращён франкам, но в апреле 1244 г. храм Рождества осквернили тюрки-хорезмийцы, а в 1263 г. мамлюкский султан Бейбарс I (1260–1277 гг.) «уничтожил монастырь», через три года вывезя из него (возможно, из атриума) мрамор и колонны для украшения зданий Каира. Пилигримы-католики вновь смогли посещать Вифлеем только с 1271 г.; католические мессы было разрешено служить с 1277 г. С 1347 г. западное христианство представляли здесь францисканцы, и сейчас ещё занимающие здания бывшего девичьего монастыря эпохи крестоносцев, а также сохраняющие престол в Пещере Рождества. В ведении Греческой православной церкви оставались главный престол храма (с 1244 г.) и женский монастырь, пристроенный к базилике с южной стороны. Несмотря на нестабильную ситуацию в Палестине, храм не понёс значительных утрат: план католического монаха Бернардино Амико (1596 г.) показывает его почти невредимым (за исключением северо-западной части). Храм ремонтировали неоднократно с разрешения властей Каира или Стамбула. В 1479 г. кровля была перекрыта свинцом, подаренным королём Эдуардом IV Йоркским (1461–1483 гг.), по балкам, привезённым из Венеции. В 1670–1671 гг. кровлю чинили греки, которые также поставили иконостас, сменённый в 1764 г. Дальнейшие поновления связаны с землетрясением 1834 г. и с пожаром 1869 г., повредившими интерьер пещеры.