В конце июня – начале июля 1553 г. на церковном Соборе в Москве были осуждены один из радикальных религиозных мыслителей XVI в. Матвей Семёнович Башкин и его «единомысленные». На этом Соборе выступил и Висковатый. В присутствии царя и бояр он обвинил духовника царя Сильвестра (конец XV в. – около 1565 гг.) и протопопа Благовещенского собора Симеона, наблюдавших за работой новгородско-псковских иконописцев при реставрации икон собора, в пособничестве еретикам. Висковатый выступил (как выражается обвинительный акт, «вопил») против нововведений, не соответствовавших, по его мнению, церковным канонам иконописания и заимствованных с Запада, обвиняя в неправославной новизне и нарушении норм Седьмого Вселенского собора. Его протест становится понятным не только как симптом русской склонности к обрядоверию, но и как чуткая ревность о чистоте православия в атмосфере XVI в., насыщенной электричеством протестантизма и свободомыслия. Как показали новейшие исследования, псковичи действительно полукопировали вновь открытые плоды печатного станка в виде западных гравюр и иконных иллюстраций и под их впечатлением полутворили свои собственные иконографические комбинации, сбиваясь на произвольный аллегоризм. Во встревоженной атмосфере Москвы даже друг митрополита Макария, протопоп Сильвестр, мог показаться подозрительным для Виковатого, потому что Сильвестр дружил с игуменом Троице-Сергиева монастыря Аремием, а Симеон долго возился с Башкиным. Как только коалиция упрощённых московских консерваторов подняла шум и около Башкина, и около Артемия, Висковатому даже искренне могло показаться, что попустительство Сильвестра иконографическому новаторству псковичей может быть связано с еретической отравой, идущей с Запада. Висковатый воспользовался поводом и сделал свои заявления о росписи Благовещенского собора, очевидно, ставя их в связь с еретическими заразами Москвы. Но митрополит Макарий, самолюбие которого было задето крикливой критикой Висковатого, оборвал его за неправильные мудрования, поскольку иконы писаны по древним образцам, и потому сам Висковатый может попасть в положение противника церкви. Так неожиданно для себя Висковатый из обвинителя превратился в обвиняемого. Об этом свидетельствует определение церковного Собора, данное «диаку Ивану Михайлову... к его душевному исправлению» за то, что он в течение трёх лет «от своего мнения о тех святых честных иконах сомнение имел, и вопил и возмущал народ... в соблазн и поношение многим». Почувствовав опасность, Висковатый сформулировал свои соображения письменно и подал митрополиту с просьбой вразумить его соборно, а в чём погрешил – простить. Митрополит для пущего воздействия на Висковатого испросил у царя специальную резолюцию на то, чтобы записку Висковатого «иссвидетельствовать соборно». Собор 14 января 1554 г. имел по этому делу два заседания и на три года отлучил Висковатого от церкви. В первый год он должен был стоять около храма, каяться и просить входящих в храм помолиться за него; во второй – входить в церковь только для слушания божественного писания; в третий – находиться в церкви, но без права общения. Довольно грубо ему предписывалось «ведать свой чин» и не воображать себя «головой», будучи «ногой». Осуждение Висковатого не было милостивым и мотивировалось не существом дела, а просто формальной виной перед церковью: «смущением народа». С некоторыми из недоумений Висковатого Собор согласился. Например, осудил западную реалистическую манеру изображения Христа, не со спокойно вытянутыми по кресту прямолинейной руками, а с болезненно повисшим на руках телом. Народ в этих спорах своего передового меньшинства пока ещё «безмолствовал»; единство церкви не страдало. Но приближался период «смуты», когда разволновавшиеся низы привыкли к открытой оппозиции, и, после «смуты», первые же случившиеся богословские споры вылились в церковный массовый раскол. Но служебное положение Висковатого не изменилось в связи с отлучением от церкви: он оставался главой Посольского приказа. Не исключено, что сам царь покровительствовал Ивану Михайловичу. 9 февраля 1561 г. Иван IV жалует Висковатого званием «печатника» (хранителя государственной печати), называет его «своим ближним и верным думцем».