В сентябре 879 г. мощи Вуннибальда вместе мощами Вальбурги были перенесены в Айхштедт, но через три дня вновь возвращены на прежнее место. В 889 г. король Арнульф дарит айхштедтской церкви территорию, до того времени не имевшую определённого собственника и называвшуюся Зецци (согласно современным исследованиям, это район Св. Эгидия под Райтенбухом). Такое дарение было возможно, поскольку территория «Sezzi» располагалась в непосредственной близости к Лимесу. Дар осуществлён на том основании, что Зецци посещали и там служили святые Бонифаций, Виллибальд, Зола Фульдский, а также сам святой Вуннибальд. Епископ Гундекар II (правил в Айхштедте в 1057–1074 гг.) установил день памяти св. Вуннибальда 18 декабря и указал в своей литургической книге понтификал (получившей в истории название «Понтификал Гундекариан») святого Вуннибальда, как одного из двенадцати покровителей епархии. Впоследствии Вуннибальд был признан покровителем нескольких церквей айхштедтской епархии, а день его памяти был отмечен в церковных календарях других епархий. В 1152–1155 гг. в Хайденхайме восстанавливается монастырское богослужение по бенедиктинскому обряду. При епископе Отто (между 1182–1196 гг.) произошло перенесение мощей св. Вуннибальда в новую монастырскую церковь. В 1256 г. его мощи на короткое время вновь переносятся в Айхштедт. В 1363 г. они были погребены (заключены под спуд) в новом алтаре хайденхаймской церкви. В 1483–1484 гг. в алтаре был установлен новый готический престол, но когда в 1969 г. его окрыли, там мощей св. Вуннибальда не оказалось. Согласно исследованиям, в 1606 г. глава святого Вуннибальда была перенесена в церковь города Шер, где она до сих пор хранится в прекрасно оформленном в виде бюста реликварии. Ежегодно, в первое воскресенье мая, из городской церкви св. Николая, где хранится глава Вуннибальда, начинается знаменитая майская процессия по городу с мощами святого. Круглогодично в Шер совершаются паломничества, в том числе из соседней Швейцарии. После того, как в 1529 г. был расстрижен и женился последний настоятель монастыря Хайденхайм, после нескольких лет безвременья, с 1533 г. вводится протестантское богослужение, а в 1537 г. монастырь официально упраздняется. Житие Вуннибальда было написано после 778 г. монахиней хайденхаймского монастыря Хугебурк (со слов Вальбурги и Виллибальда). После смерти Виллибальда Хугебурк написала также и его житие, объединив с житием Вуннибальда. День памяти святому Вуннибальду в католической, евангелической и греко-католической церквах установлен в день смерти святого – 18 декабря по григорианскому календарю. Кроме того, в епархии Айхштедта учреждён день празднования святого Вуннидальда 15 декабря, а в аббатстве Фульда его празднуют 7 июля. В Берлинской и Германской епархии Русской православной церкви литургическая память местночтимого преподобного игумена Вуннибальда совершается 15 декабря по юлианскому календарю. См. также Виллибальд.