По объёму прав и привилегий, с одной стороны, и различных стеснений и ограничений, с другой, все признанные в Российской империи религии выстраивались в иерархический ряд. В общественно-политической системе империи первенствующее и исключительное положение занимала гоосударственная православная церковь. Духовенство привлекалось к участию в важнейших государственных актах, российский император мог исповедовать только православную веру, на него были возложены функции «верховного защитника церкви» и «блюстителя правоверия». Всячески поощрялся (налоговыми и другими мерами) переход из любого вероисповедания в православное, но переход из православия в какое-либо иное исповедание рассматривался как уголовное преступление и карался лишением прав собственности, выселением с места постоянного проживания и даже ссылкой в Сибирь. Лишь Русской православной церкви была разрешена миссионерская деятельность среди всех исповеданий, остальным разрешалось проповедовать своё учение только в рамках национально-конфессиональных общностей. Вслед за господствующей православной церковью стояли лютеранские и реформатские церкви, община гернгутеров (секта лютеранского толка, возникшая в местности Гернгут, близ Дрездена), армяно-григорианская, армяно-католическая и католическая церкви. Далее по объёму привилегий шли общины евреев-караимов, мусульман (суннитов и шиитов). Менее привилегированной была община евреев-талмудистов, ещё меньше – буддистско-ламаистская община калмыков и бурят. Они считались представителями «признанных терпимых» исповеданий, имели право свободно отправлять культ, обучать своих последователей религии и готовить кадры духовенства, приобретать движимое и недвижимое имущество. При этом католическое и лютеранское духовенство получало от государства денежное содержание, мусульманский, иудейский и буддийский культы и их служители обеспечивались за счёт верующих. Всего лишь терпимыми, но лишёнными привилегий были русские старообрядцы, шотландские и базельские сектанты, меннониты и баптисты Закавказья, сибирские шаманисты и самоеды-язычники. «Терпимые непризнанные» исповедания (старообрядцы и сектанты: духовные христиане, толстовцы и др.) были официально не признанными, но на бытовом уровне до поры до времени воспринимались как «допустимые». «Непризнанными и нетерпимыми» по законам Российской империи были общины молокан, духоборцев, субботников, скопцов, хлыстов и иных крайних сектантов, а также те исповедания, которые в зависимости от конкретных обстоятельств квалифицировались как враждебные государству и преследовались по закону. Греко-униатская церковь в Российской империи (за исключением Царства Польского) прекратила легальное существование после Полоцкого собора 1839 г., на котором униаты западных губерний воссоединились с православной церковью. Юридически среди российских подданных (исключая проживавших в России иностранцев) не существовали также старокатолическое и англиканское исповедания. Иерархия привилегированности вероисповеданий отчасти была основана на мере расхождения вероучения каждого из них с догматами православия. Помимо этого, на статус вероисповедания влияла законность его происхождения. Этот критерий особенно сказывался на статусе старообрядческих общин: поскольку старообрядчество представляло собой раскол, потрясший религиозную жизнь русского народа и подрывавший его духовное единство, положение старообрядческих общин было более трудным, чем, например, мусульман или иудеев. Неравноправие религиозных общин реально проявлялось не в объёме личных прав подданного, принадлежавшего к той или иной конфессии или религии. До крестьянской реформы 1861 г. православный русский крепостной крестьянин в западных губерниях был несравненно больше стеснён, чем его помещик-католик (и даже чем еврей, ограниченный чертой осёдлости), но не крепостной зависимостью еврей, проживавший в той же местности. К высшему дворянскому сословию в России принадлежали не только православные, но и католики и протестанты, реже евреи и мусульмане, и даже родовая знать языческих племён. Неравноправие религиозных общин обнаруживалось в разной мере покровительства им со стороны государственной власти, а главное, в том, что переход из одного вероисповедания в другое был неодинаков для всех. Возможность перемены религии для российских подданных была «направленно ориентированной»: отпадение от православной церкви в любое иное христианское исповедание законами воспрещалось; нелегальным был и любой переход из христианского исповедания в нехристианское. Переход из одной неправославной христианской конфессии в другую был затруднён, но не абсолютно исключался. Присоединение к православной церкви для всех российских подданных неправославных исповеданий было открыто и поощряемо.