В результате Тридцатилетней войны, охватившей многие европейские государства, был заключён Вестфальский мир (1648 г.), установивший в Римско-Германской империи почти повсеместно легальный и равноправный статус трёх конфессий: католической, лютеранской и реформатской (кальвинистской). Имперские чины, придерживавшиеся признанных исповеданий, были равноправны, а постановления рейхстагов по религиозным делам не могли впредь выноситься большинством голосов. Не могли иметь силы и другие их постановления, если при голосовании большинство и меньшинство разделялось в зависимости от конфессиональной принадлежности, но правитель княжества фактически по-прежнему мог изгонять подданных, придерживавшихся другого исповедания, нежели исповедовал он сам. Со временем в германских государствах, в большинстве протестантских, а затем и в некоторых католических государствах Европы вне Германской империи возобладал и прочно утвердился принцип так называемой государственной церковности, когда религиозная община, к которой принадлежит государь, официально именуемый главой церкви, как правило (но не всегда) составляющая большинство населения, пользуется преимуществом государственной церкви, а права иных религиозных общин оказываются урезанными, либо государственный статус имеют более чем одна конфессия. Так, в Пруссии одинаково привилегированным статусом пользовались и лютеране, составлявшие значительное большинство населения, и реформаты, к исповеданию которых принадлежал королевский дом Гогенцоллернов. Исторически рост религиозной терпимости в Новое время происходит одновременно с упадком религиозной веры в её традиционных церковных формах. Особую актуальность призыв к веротерпимости приобрёл в Европе, пережившей ужасы религиозной розни и войн в XVI–XVII вв. В «Письмах о веротерпимости» (1689 г.) британский философ и педагог Джон Локк (1632–1704 гг.) обосновывал необходимость отделения церкви от государства и отнесения религии к приватной сфере, где человек самостоятелен и наделён от природы неотъемлемыми «естественными правами», на которые не должны посягать никакие власти. Современное понятие о веротерпимости как принципе толерантности коренится в идеях Просвещения о духовной эмансипации достигшего «совершеннолетия» человека, о его автономии как самостоятельно мыслящего и действующего субъекта истории: толерантность – регулятивный принцип автономного (свободного от власти авторитета и традиции) человеческого разума. Просвещение сумело утвердить в обществе солидарное сознание человечества как едва ли не высшую ценность, пробудить чувство общности судьбы всего человечества, стоящей над всеми национальными и религиозными границами. Однако возникшие трудности в реализации идеала веротерпимости до сих пор не разрешены. Полюсами, создающими напряжённость в поисках основания и, следовательно, границ веротерпимости как толерантности, являются, с одной стороны, религиозный абсолютизм, а с другой – культурный или моральный релятивизм. Если могут быть несовместимые культуры, группы внутри культур или отдельные личности, если ценности могут сталкиваться даже в одном и том же человеке, то из этого не следует, что одни из них истинные, а другие ложные. Политическим ответом на эту ситуацию является демократическое общество, базирующееся на признании религиозно-мировоззренческого плюрализма. Решение проблемы религиозной терпимости даёт религиозная свобода. Во-первых, как признание права за всеми членами общества свободно исповедовать (как в группах, так и в индивидуально) свою религию на равных основаниях. Во-вторых, это – светский характер государства и государственной системы образования. В-третьих, обязательство религиозных групп (объединений) выполнять своё общественное служение, не нанося вреда другим религиозным и нерелигиозным группам. В немалой степени этому должны способствовать церковно-государственные отношения, формы которых сегодня представляют собой широкий спектр правовых статусов религиозных общин. В порядке формального убывания прав религиозных объединений это – теократия (Иран, Ватикан); государственная церковность; особое правовое положение отдельных религиозных организаций; наделение отдельных религиозных общин привилегиями; наличие у религиозных общин статуса корпорации публичного права; радикальное отделение религии от государства при полном равенстве религиозных объединений; подавление государством религиозных объединений (отдельных или всех). В правовых государствах существование государственной церкви уже не влечёт за собой дискриминации религиозных меньшинств; вмешательство светской власти во внутренние дела церкви обычно минимизировано. В законодательстве таких государств нет ни прямых запретов отпадения от государства церкви, ни каких-либо вообще юридических затруднений для перемены вероисповедания. На практике реальное положение религиозных общин в большинстве из современных правовых государств несколько различается в зависимости от того, отделена или нет религия от государства. При существовании государственной церкви (например, в современной Великобритании, Дании, Греции) нет полного равноправия религиозных общин.