Позднее на положение василиан в Российской империи сильно повлияло Польское восстание 1830–1831 гг. Василиане поддержали мятеж, некоторые из них принимали в нём участие, что стало причиной репрессивных мер против ордена со стороны императора Николая I. В списке лиц, привлечённых к ответственности за участие в восстании, значилось 76 представителей греко-католического клира, большинство из них – василиане (на стороне повстанцев сражались монахи Г. Дверницкий и А. Вигиневский). Иноки Почаевского монастыря печатали в своей типографии листовки мятежного польского генерала Юзефа Дверницкого (1779–1857 гг.), помогали осуществлять связь между отрядами повстанцев и оказывали им иную помощь (впоследствии девять почаевских василиан были арестованы). Поддержку участникам восстания оказал Овручский василианский монастырь, монахи которого доставили мятежникам шесть артиллерийских орудий, приняли у тех присягу и освятили их знамя. Управлявший Овручским монастырём каноник И. Сероцинский был сослан в Сибирь (в 1834 г. он попытался организовать мятеж среди ссыльных повстанцев в Омске, за что был приговорён к семи тысячам ударам палками и умер при исполнении наказания). После восстания началось закрытие василианских монастырей, одним из первых в 1831 г. был возвращён Русской православной церкви Почаевский монастырь. К 1839 г. василианский орден на территории России прекратил своё существование. Сохранилась только Холмская провинция ордена в пределах Царства Польского, отчасти потому, что Холмский греко-католический епископ Филипп Шумборский в период восстания занимал нейтральную позицию. После Польского восстания 1863 г. и последовавшего в 1866 г. разрыва конкордата между Российской империей и Папским престолом последняя на территории Российской империи Холмская униатская епархия была упразднена (1875 г.). После разделов Польши значительная часть монастырей василианского ордена, расположенных в униатских Львовском, Перемышльском и Холмском (частично) епископствах, оказались на территории Австрийской империи Габсбургов. Эти монастыри после разделения ордена в 1780 г. на четыре провинции составили Галицкую провинцию Св. Спасителя (36 монастырей, 314 монахов). В 1781 г. австрийский император Иосиф II (1741–1790 гг.), проводивший секуляризацию, закрыл значительную часть монастырей, как римско-католических, так и униатских. Были упразднены все василианские монастыри, не имевшие при себе школ или богаделен. К концу XVIII в. здесь насчитывалось 26 мужских василианских монастырей, в которых было 200 монахов, и два монастыря василианок с десятью монахинями. Настоятели василианских монастырей, избираемые монахами, должны были утверждаться епископами и австрийским правительством. Иосиф II стремился ограничить влияние василиан в греко-католической церкви. Униатские семинарии в Вене и Львове были выведены из-под контроля ордена. Василиане были лишены монополии на замещение епископских кафедр, назначение греко-католических епископов из числа как монахов, так и белых священников проводилось императором. В XIX в. орден василиан находился в упадке, во второй половине XIX в. его положение стало критическим. В Австрийской империи (с 1867 г. – Австро-Венгрия) количество василианских монастырей сократилось до 14, монахов – до 75. Упадок ордена в значительной степени был обусловлен тем, что василиане сохраняли стремление к латинизации униатства, тогда как значительная часть приходского духовенства и мирян Галиции выражала симпатии к православию и России («москвофильское движение»). Униатский митрополит Галицкий Иосиф Сембратович (1870–1882 гг.) по итогам проведённой в 1881 г. визитации василианских монастырей Галиции отправил в Рим письмо, в котором сообщал о почти полном исчезновении монашества в униатской церкви (в 1882 г. в Галиции оставалось 60 монахов-василиан). Папа Лев XIII (1878–1903 гг.), стремившийся реформировать не только василиан, но униатство в целом (имея в виду прозелитические проекты в отношении православного Востока), в 1882 г. издал апостольское послание «Singulare praesidium», которым поручил иезуитам реформировать василианские монастыри (эта реформа впоследствии получила название «Добромильской», по василианскому монастырю в Добромиле). Новые послушники-новиции василианского ордена должны проходить обучение только в Добромильском новициате, куда разрешалось принимать и римо-католиков, пожелавших перейти на восточный обряд и стать членами василианского ордена.