Осматривая полоцкий собор Святой Софии (в прошлом православный храм XI в.), которым владели василиане, он захотел пройти в алтарь, но монахи не пустили его, обозвав «схизматиком». Разгневанный царь велел приближённым схватить монахов, но на шум в собор сбежались вооружённые послушники, вступившие в схватку с его спутниками. В ходе столкновения несколько приближённых Петра I получили ранения, а четыре василианина были смертельно ранены. В порыве гнева царь велел повесить ещё одного монаха, а находившиеся на территории Речи Посполитой российские войска разорили несколько василианских монастырей и храмов, главным образом, расположенных на территории современной Беларуси. К началу XVIII в. становятся заметными не только разногласия между василианами и униатскими митрополитами, но и противоречия между василианами и иезуитами, поскольку иезуиты всё чаще видели в униатах «католиков второго сорта», которых необходимо было обратить в римо-католичество и перевести в латинский обряд (среди униатских студентов в римско-католических школах велась пропаганда латинского обряда). В то же время при своей пролатинской позиции василианский орден сформировался как вполне самостоятельная структура католической церкви, интересы которой в данном случае вступали в противоречие с иезуитскими. На формирование идеологии и самосознания василиан влияние оказал Замойский синод (Собор) униатской церкви (1720 г.), проведённый при митрополите Льве Кишке по инициативе монахов ордена; он способствовал усилению латинского влияния в греко-католической церкви. На Замойском синоде униаты подтвердили признание учения о примате папы Римского, о Filioque, чистилище и пр., ввели некоторые латинские обряды в униатское богослужение. Эти решения сблизили униатство с римским католичеством. После Замойского синода во многих униатских храмах и василианских монастырях стали уничтожаться иконостасы, устанавливались исповедальни и кафедры латинского образца для чтения проповедей, появились органы и стали совершаться некоторые праздники латинского церковного календаря. С начала XVIII в. по причине перехода в унию православных епархий юго-востока Речи Посполитой (Перемышльской, Львовской и Луцкой) общая численность униатских монастырей возросла. Однако если на территории Великого княжества Литовского (в Белоруссии и собственно Литве) монастыри были объединены в структуру василианского ордена, то на юго-востоке (современная Западная Украина) они продолжали находиться в подчинении епископов. Для усиления позиций ордена в юго-восточных епископствах на Замойском соборе было принято решение объединить монастыри Владимирского, Луцкого, Холмского, Львовского и Перемышльского епископств в отдельную конгрегацию – Русскую (иначе – Польскую или Коронную). Папа Бенедикт XIII (1724–1730 гг.) в 1724 г. подтвердил решения Замойского синода, отметив, что Русская конгрегация василиан должна быть независима от прежде существовавшей Литовской. Русская конгрегация Покрова Пресвятой Богородицы была официально создана в 1739 г., однако литовские василиане выступили против независимости Русской конгрегации. На проходившем в 1739 г. во Львове общем съезде василиан представители Литовской конгрегации выступили с проектом объединения обеих василианских структур. Папа Бенедикт XIV (1740–1758 гг.) в бреве «Etsi dubitare» 1742 г. предписал объединить обе конгрегации в единую орденскую структуру. В том же году Конгрегацией пропаганды веры был издан декрет об объединении Литовской и Русской провинций ордена. На капитуле, проходившем в Дубно в 1743 г., было объявлено о создании василианского ордена, разделённого на две провинции – Литовскую и Польскую (или Русскую). Орден находился под управлением протоархимандрита (генерала), избираемого поочерёдно из числа василиан обеих провинций. Резиденцией протоархимандрита из Русской провинции был назначен почаевский Успенский монастырь, протоархимандрита из Литовской – виленский Троицкий монастырь. Папа Бенедикт XIV в 1744 г. посланием «Inter plures» утвердил решения Дубенского капитула о слиянии василианских провинций в единый орден, названный «Русский орден свт. Василия Великого»; орден получил самостоятельность в рамках униатской церкви.