В XVII в. число орденских монастырей практически не изменилось, что было следствием общего упадка униатской церкви, вызванного сначала сопротивлением православного населения Западной Руси насильственно вводимой унии, а затем казацкими восстаниями и войнами между Московским государством и Речью Посполитой. Признаки стагнации в истории василианского ордена стали заметными при преемнике Иосифа Вельямина Рутского униатском митрополите Рафаиле (Николае Корсаке; 1595–1640 гг.), который в 1626–1640 гг. являлся протоархимандритом ордена. Униатский митрополит Антоний (Антон Селява; 1583–1655 гг.), который опасался чрезмерного усиления василиан, добился от ордена избрания пожизненным протоархимандритом. Управлявший униатской церковью Гавриил Коленда (1606–1674 гг.; в 1655–1665 гг. на правах администратора, с 1665 г. – митрополит) также добился избрания василианским протоархимандритом, что вызвало возмущение части василиан, на сторону которых встал папа Александр VII (1655–1667 гг.). Однако позднее положение ордена на западнорусских землях Речи Посполитой после войны с Московским государством стало столь тяжёлым, что василиане перестали противиться притязаниям Коленды, полагая, что митрополичье управление орденом благотворно скажется на его состоянии. Митрополит, в свою очередь, обещал соблюдать право ордена на внутреннее самоуправление, восстановить структуру новициатов ордена и добиться отказа униатских епископов от владения монастырями-архимандриями (управление которыми пожизненно на правах собственности жаловалось королём). При униатском митрополите Киприане Жоховском (1674–1693 гг.) конфликты между орденом и главой греко-католической церкви продолжились (Жоховский также объявил себя главой василианского ордена). Василиане подали на него жалобу в Рим, и папа Иннокентий XI (1676–1689 гг.) в 1686 г. повелел собрать в Новогрудке капитул, где были чётко сформулированы принципы, определявшие характер взаимоотношений митрополита греко-католической церкви и подчинённого ему ордена, но обладавшего широкой внутренней автономией. Согласно принятому капитулом документу, возглавлять орден в сане протоархимандрита должен один из монахов-василиан, но не митрополит или иной епископ. Орден оставался в подчинении митрополита, его внутреннее управление осуществлялось протоархимандритом. Назначение настоятелей монастырей сохранялось за протоархимандритом, тогда как митрополит жаловал в пожизненное владение архимандрии и игуменства. Назначение униатских епископов должен был совершать король по представлению митрополита, но с согласия протоархимандрита; он имел право совершать инспекцию и ревизию всех орденских монастырей и храмов, являясь для них и апелляционной инстанцией. Протоархимандрит имел право по совету с митрополитом назначать время и место проведения капитулов ордена. Покупку и продажу всех церковных имений и другие торговые и финансовые операции должен был осуществлять митрополит. В случае кончины протоархимандрита до избрания ему преемника управление орденом осуществлял один из его помощников. Трения между василианским орденом и главой униатской церкви вновь возникли в начале XVIII в., их причиной явилось избрание Юрия (Гавриила) Винницкого на митрополию без согласия василианского протоархимандрита Льва Кишки (ум. в 1728 г.). Согласие было достигнуто в 1709 г., вскоре, однако, нарушенное по вине митрополита, исхлопотавшего в Риме папский указ об отмене обязанности главы униатской церкви консультироваться с протоархимандритом василиан по вопросам назначения новых епископов, архимандритов и игуменов; василине, в свою очередь, добились в Риме отмены этого постановления. Однако сам Лев Кишка, став греко-католическим митрополитом (в 1714 г.), нередко нарушал права ордена. Пётр I Алексеевич (1689–1725 гг.) рассматривал униатов как основных виновников творимого в Речи Посполитой насилия над православными. В 1705 г., ведя совместные с польским королём Августом II Саксонским (1697–1704, 1709–1733 гг.) военные действия против Швеции, царь прибыл в Полоцк.