При создании ордена декларировалось, что речь идёт не об основании целиком нового ордена, но лишь о реформе и восстановлении якобы изначального ордена святителя Василия Великого. Было объявлено об объединении всех униатских монастырей и населяющих их монахов в единую структуру василианского ордена (или конгрегации Святой Троицы), принят ряд постановлений, которые легли в основу организации и деятельности василиан. Верховное руководство орденом возлагалось на митрополита греко-католической церкви (он имел на капитуле два голоса). Генеральный капитул (конгрегация) – общий съезд василиан – собирался каждые четыре года (позднее каждые восемь лет) и являлся высшим органом законодательной власти в ордене. Общее управление орденом поручалось протоархимандриту (пост соответствовал должности генерала в католических орденах, и впоследствии василианского протоархимандрита именно так чаще всего именовали). Протоархимандрит избирался на генеральном капитуле ордена на четыре года (позднее срок был увеличен до восьми лет). При этом особо подчёркивалось, что протоархимандрит должен избираться из числа простых монахов (профессов) и не может одновременно являться епископом или архимандритом (прелатом) греко-католической церкви. Протоархимандрит разделял исполнительную власть с советом (генеральной консультой) из четырёх советников или консульторов (consultores generalis), которые также избирались на капитуле и являлись помощниками протоархимандрита в руководстве орденом. Старший из этих советников (протоконсультор) был обязан постоянно находиться при протоархимандрите. В совет также входил секретарь ордена, а обязанность которого вменялись контроль за текущими делами и напоминание о необходимости решения тех или иных вопросов (отсюда его официальное наименование – monitor). Управление орденскими монастырями сохранялось за игуменами, которые назначались на четыре года протоархимандритом с согласия капитула. Все важнейшие дела, касавшиеся деятельности василианского ордена, должны были решаться на совете большинством голосов. Гербом ордена стал огненный столп (в память о видении преподобного Ефрема Сирина, наблюдавшего, как святитель Василий Великий совершает литургию, будучи при этом охвачен пламенем). Решения Новогрудского капитула 1617 г. и другие организационные акты ордена были утверждены декретом папской Конгрегации пропаганды веры в 1624 г., а затем специальным бреве папы Урбана VIII (1623–1644 гг.) «Exponi nobis» от 20 августа 1631 г. Папа выразил благосклонное отношение к ордену, даровав ему право «привилегированного алтаря», т.е. право совершения месс, избавляющих души усопших от пребывания в чистилище, которым раньше обладали исключительно латинские монашеские ордена. От польского короля Владислава IV (1632–1648 гг.) в 1635 г. василиане получили привилей, согласно которому за монахами-василианами закреплялось право занимать митрополичью и епископские кафедры в греко-католической церкви в Речи Посполитой. Одновременно с образованием первых мужских василианских монастырей появились и женские обители. В числе первых монастырей василианок были общины, образованные в Вильно и Бытене, в середине XVII в. – в Новогрудке, Гродно, Минске, Полоцке, Пинске и других городах Западной Руси. Их главным отличием от мужских василианских обителей было подчинение местным епископам униатской церкви, а не орденским структурам. В то же время духовное руководство насельницами принадлежало орденским иеромонахам. Таким образом, первоначально василианский орден являлся организацией, которая находилась в подчинении униатского митрополита, но была абсолютно независимой от епископов греко-католической церкви, на территории которых находились монастыри василиан. Независимость ордена от епископата стала причиной многих конфликтов между «чёрным» и «белым» духовенством греко-католической церкви. В структуру василианского ордена к 1630 гг. вошло 36 монастырей, большинство из которых было расположено на территории Великого княжества Литовского (т.е. на территории современной Литвы и Беларуси). Влияние ордена в Юго-Западной Руси (современная Украина) было весьма слабым: здесь большинство обителей оставались православными, василиане имели там всего пять монастырей.