В годы его патриаршества происходит обновление церковной жизни: в 1932 г. были принят Устав СПЦ и более 40 церковно-административных документов, восстановлено много порушенных церковных объектов, построены новые храмы и здание Сербской патриархии, начато строительство храма свт. Саввы на Врачаре в Белграде. В его планы входило также создание Церковной музыкальной академии и ежедневной газеты Сербской патриархии. Варнава оказывал значительную поддержку и покровительство русским эмигрантам и всем русским учреждениям и организациям в Сербии. В 1933 г. по просьбе своего бывшего учителя Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) принял на себя посредничество в переговорах Московской патриархии с Русской православной церковью заграницей, в которых поддерживал сторону митрополита Антония (Храповицкого), допускал возможность включения РПЦЗ в юрисдикцию СПЦ как особого автономного образования. По инициативе Варнавы и под его председательством осенью 1935 г. в г. Сремски-Карловци прошло совещание русских епископов, находящихся за границей, на котором было выработано «Временное положение о Русской Православной Церкви заграницей» и на его основе достигнуты внешнее согласие и литургическое общение между русскими общинами. За свое теплое отношение к русским эмигрантам в воспоминаниях и мемуарах именовался патриархом не только сербским, но и русским. Варнава заботился о развитии миссионерства, много внимания уделял торжественности богослужения, выступал за сохранение сербских традиций и за единую Югославию. По его инициативе в монастыре Раковица была открыта синодальная иконописная школа под руководством иконописца и реставратора П.М. Софронова. Варнава активно выступал против ратификации скупщиной конкордата между Ватиканом и Югославией. В записке, направленной 13 сентября 1935 г. правительству от имени Священного Синода, в специальном Меморандуме, принятом 5 декабря того же года, и в своих многочисленных выступлениях, например, в Новогоднем послании 1937 г., он особенно обращал внимание на отрицание конкордатом не только конфессионального, но и политического равноправия и свободы, гарантированных конституцией. Тяжелая болезнь Варнавы, внезапно вспыхнувшая во время работы Архиерейского Собора СПЦ в июне 1937 г., на котором обсуждалась позиция СПЦ в отношении внесения конкордата на ратификацию в скупщину, породила слухи о его отравлении. Он уже не смог председательствовать на следующем, внеочередном, Архиерейском Соборе, открывшемся 8 июля, в день внесения конкордата на ратификацию. 19 июля молебен и последующий крестный ход о здравии Варнавы перерос в кровавое столкновение участников шествия с жандармерией и получил название «Кровавого крестного хода». 23 июля конкордат был ратифицирован скупщиной, но последовавшая в тот же день кончина Варнавы, хотя он, скорее всего, не узнал о случившемся, и реакция на события общественности заставили правительство поначалу отложить, а потом отказаться от внесения конкордата на утверждение в Сенат. Диагноз заболевания и причины смерти Варнавы до сих пор не выяснены. Похоронен в храме свт. Саввы на Врачаре в Белграде.