Древние новгородские летописи сообщают об обретении мощей преподобных Сергия и Германа и перенесении их в Новгород во время нашествия шведов в 1163–1164 гг. Именно тогда состоялось местное прославление основателей Валаамского монастыря, и было положено начало церковному почитанию преподобных Сергия и Германа в пределах Новгородской епархии. В 1182 г., когда опасность миновала, иноки перенесли святые мощи обратно на Валаам. Опасаясь оскорбления святыни, монахи вырубили глубоко в скале могилу и в ней скрыли святые мощи угодников, где они и поныне пребывают «под спудом». До первого разорения Валаам назывался обителью Пресвятой Троицы, о чем свидетельствует житие преподобного Авраамия Ростовского. По всей вероятности, деревянный Троицкий Валаамский монастырь был уничтожен врагами до основания. Когда вся Карелия после заключения в 1348 г. мира в Дерпте была возвращена в состав русских земель, Валаам отдыхал от гонений шведов. В 1371 г. валаамские иноки спасли шведского короля Магнуса II Смека, выброшенного ладожскими водами на берег острова. Сильная буря в щепки разбила корабль, на котором он со своим войском решил предпринять очередной завоевательный поход на православные земли. Трое суток волны носили венценосного шведа. В несчастии короля старцы увидели особый Промысел Божий, призвавший его в лоно православной церкви, как некогда гонителя Савла. Познав тщету земной жизни, король решил остаток своих дней посвятить Богу. Составив завещание и сменив царскую порфиру на простую одежду инока, он принял великую схиму с именем Григорий. Через три дня после пострига король Магнус скончался. Валаамские старцы погребли схимонаха Григория на братском кладбище, где и теперь под густой сенью развесистых кленов видна его могила. Русские самодержцы предоставляли монастырю различные льготы. 12 марта 1507 г. великий князь Василий III Иванович (1505–1533 гг.) даровал игумену Иоакиму с братией жалованную грамоту. Крестьяне, живущие на монастырских землях в Карелии, этой грамотой освобождались от разных пошлин и повинностей. В монастырских владениях и на Валаамском острове запрещалось бить зверей, рубить лес. При игумене Варлааме, в 1534 г., эту грамоту подтвердили царь и великий князь Иван IV Васильевич (1548–1584 гг.). В 1584 г. царь Иван Васильевич, чувствуя приближение кончины и сокрушаясь о невинных жертвах своего гнева, прислал на Валаам синодик для вечного поминовения. В XVI в., когда шведы вновь начали воевать с Россией, Валаам в который раз стал объектом агрессии. 20 февраля 1578 г. преследуя православных карел, шведы напали на Валаамский монастырь: 18 старцев и 16 послушников были мученически истреблены мечом за твердость в исповедании православной веры. В 1581 г. валаамским инокам было послано новое испытание – эпидемия чумы, жертвой которой стали 87 старцев и 47 послушников. Вскоре после этого несчастья пламя очередной шведской войны опустошило и саму обитель: церкви, кельи, трапезу и ограду. Одни братья вместе с настоятелем скрывались в лесах Валаама, ведя скитский образ жизни, другие – в Антониевом Дымском монастыре, где неукоснительно соблюдался устав Валаамской обители. После заключения 18 мая 1595 г. мира со шведами России были возвращены древние новгородские земли. В ответ на донесение боярина Бориса Федоровича Годунова (1587–1605 гг.) «про нужу и терпенье Валаамского монастыря игумена Давида с братиею, что учинилось разоренье от свейских людей их монастырю», царь Федор Иоаннович (1584–1587 гг.) 8 ноября 1587 г. повелел средствами из царской казны возобновить обитель, устроить в ней церкви, кельи, трапезу и ограду и предоставил монастырю владеть, как и раньше, вотчиной, рыбными ловлями и угодьями «по нашим жалованным грамотам и писцовым книгам». Вотчины Антониев-Дымского монастыря были оставлены во владении Валаамской обители до тех пор, пока валаамские иноки не смогут созвать крестьян на свои монастырские земли.