Адмирал А.В. Колчак, разделявший идею устройства в России государства на теократических началах, рассчитывал, что православная церковь, соединённая с авторитарной системой власти, близкой настроениям русского крестьянства, поможет ему стабилизировать и контролировать политическую ситуацию в Сибири. Он полагал, что идея защиты православия и исконных духовных национально-патриотических традиций может привлечь на его сторону не только крестьянство, но и всю нацию. На территориях, контролируемых адмиралом А.В. Колчаком, церкви были возвращены земли и собственность, в школах было восстановлено преподавание Закона Божия, возобновлена учебная деятельность в пяти духовных семинариях и в пяти духовных училищах Сибири. В феврале 1919 г. ВВЦУ Сибири принимало участие в разработке условий конкурса по созданию нового Всероссийского гимна, который «должен быть составлен с оттенком религиозности», и в рассмотрении проектов орденов-крестов «Освобождение Сибири» и «Освобождение России» четырёх степеней. С 1 марта 1919 г. в Омске издавался журнал ВВЦУ Сибири «Сибирский благовестник». В мае-июне 1919 г. под началом ВВЦУ Сибири в Томске, Красноярске и Иркутске прошли епархиальные съезды, и было основано Томское епархиальное благовестничество, призванное защитить Сибирь от «разрушительного влияния атеистической идеологии, провозглашённой исходным пунктом в коммунистическом учении Маркса». В апреле 1919 г. в Омске состоялся организованный ВВЦУ Сибири Собор православного духовенства Сибири, предавший анафеме руководителей большевистской партии и установивший молитвенное поминовение адмирала А.В. Колчака на великом входе, великой и сугубой ектениях и в многолетии как Верховного Правителя России. В благословение адмиралу от Собора была передана икона Христа Спасителя. Собор также направил духовенству Сибири обращение с призывом участвовать в движении за освобождение России от большевистского ига. В обращении, в частности, утверждалось, что священство имеет нравственное право на борьбу с большевизмом, и никто не должен рассматривать эту борьбу как неподобающую церкви, как вмешательство церкви в политические и общественные дела государства. В Сибирской Белой Армии в 1919 г. находилось свыше 2 тыс. подчинённых ВВЦУ Сибири священнослужителей. В октябре того же года главный священник армии и флота правительства адмирала А.В. Колчака протоиерей Александр Касаткин подал Верховному Правителю доклад о необходимости возглавления военного духовенства епископом. В ответ на этот доклад на должность Главы военного духовенства Сибирской Белой Армии и Флота был назначен Чебоксарский епископ Борис (Шипулин). С июля 1919 г. по указанию адмирала А.В. Колчака ВВЦУ Сибири участвовало в организации в различных городах Сибири проповеднических отрядов для всех фронтов Белого движения в России по образцу Первого проповеднического отряда, созданного в январе 1919 г. для Сибирского фронта.