В некоторых диоцезах действовали свои комиссии, аналогичные по функциям центральной, проводившей заседания в Лондоне. Поскольку в конце XVI – начале XVII вв. в Церкви Англии всё больший вес набирали пуритане – сторонники радикальной Реформации, ратовавшие за «очищение» от сохранившихся католических элементов в учении, административном устройстве и богослужении (епископат, каменные престолы, облачения духовенства, иконы и скульптуры в храмах и т.д.) – Высокая комиссия превратилась в орган по борьбе не только с радикалами, но и с попытками восстановления римско-католической практики в Англиканской церкви. Представавшие перед судом Высокой комиссии должны были приносить присягу в том, что признают авторитет короны в церковных делах (oath ex officio). Отказывавшиеся это сделать отправлялись на суд «Звёздной палаты», учреждённый в 1484 г. высшим административно-судебным трибуналом и выносивший в отличие от Высокой комиссии, приговаривавшей осуждённых только к тюремным заключениям и штрафам, и смертные приговоры. Пытки в Высокой комиссии не применялись. В 1620–1630 гг. в связи с нарастанием конфликта между монархией и парламентом, в нижней палате которого преобладало влияние пуритан, Высокая комиссия наряду со «Звёздной палатой» стала орудием королевского абсолютизма. Юристы, близкие к парламентской оппозиции, считали, что юрисдикция монарха в церковных делах не является его незыблемой прерогативой и может быть аннулирована. После начала Английской революции в 1641 г. те положения «Акта о супрематии», где оговаривались права короны на осуществление юрисдикции в церковных делах через уполномоченных, были отменены парламентом, что означало конец существования Высокой комиссии. Во время революции документы, связанные с деятельностью Высокой комиссии, были уничтожены. После реставрации монархии при короле Якове II Высокая комиссия была восстановлена, но в ходе «Славной революции» 1688–1689 гг. вновь ликвидирована как «незаконная и вредоносная». Деятельность Высокой комиссии, с одной стороны, способствовала в определённой степени становлению Англиканской церкви как срединного пути между римо-католицизмом и протестантизмом, но с другой – показала неэффективность и бесплодность мер светского принуждения в религиозных вопросах.