Руководящим органом являлся Совет Высших богословских курсов, получивший право принимать научные труды на соискание степени кандидата, магистра и доктора богословия. На Высших богословских курсах защитили магистерские диссертации 25 ноября 1926 г. протоиерей Н. Чуков («Мессианские представления иудеев по Таргуму Ионафана, сына Узиелова»), 24 мая 1927 г. протоиерей В. Рыбаков («Святой Иосиф Песнописец и его песнотворческая деятельность»), 7 декабря 1927 г. протоиерей Н. Чепурин («Анимистическая теория о происхождении религии и её доанимистические и тотемистические придатки (опыт философско-антропологического исследования в апологетическом освещении)»). Учёные степени получил и ряд бывших студентов Петроградской духовной академии и Петроградского Богословского института, в частности Николай Дмитриевич Успенский, который был оставлен на Высших богословских курсах (кафедра литургики). На содержание курсов несколько раз в год проводился сбор денег в храмах. На эти средства и пожертвования от частных лиц была создана небольшая библиотека. К концу первого учебного года Высшие богословские курсы посещали 83 человек: 37 мужчин и 46 женщин, многие слушатели раньше обучались в Пастырско-богословском училище (закрыто в 1928 г.). В мае 1928 г. Совет Высших богословских курсов переработал «Положение», открыв два отделения: основное богословское с трёхлетним курсом и подготовительное пастырское (оно заменило Пастырско-богословское училище) с двухлетним курсом. Предполагалось, что эти изменения повысят качество подготовки слушателей и дадут возможность выпускать кандидатов в священники, прошедших подготовительное отделение. Однако на практике преобразование Высших богословских курсов не осуществилось. 2 февраля 1928 г. Совет Высших богословских курсов предупредил студентов о недопустимости их участия в агитации в пользу иосифлянского движения (см. Иосифлянство). Несколько студентов всё же поддержали иосифлян, за что подверглись репрессиям гражданских властей. Это и послужило поводом к закрытию Высших богословских курсов советскими властями в августе 1928 г. После закрытия корпорация Высших богословских курсов во главе с протоиереем Н. Чуковым выработала «Положение о Православном Богословском институте в Ленинграде». Проект получил одобрение Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), через него он был представлен на рассмотрение ВЦИК. Весной 1929 г. «Положение» было рассмотрено Административным отделом ВЦИК и одобрено, но институт так и не был открыт.