При епископе Павле в 1717 г. в Вологде вместо деревянного храма во имя Святой Троицы, где хранились мощи Герасима Вологодского, была построена каменная церковь, куда перенесли останки преподобного. Епископ Афанасий основал в 1730 г. Вологодскую духовную семинарию, в которой преподавал латинский язык. Вологодский епископ Пимен отличался особым благочестием, в 1770 гг. в Вологде было составлено его Житие. После 1764 г. Вологодские архиереи особое внимание уделяли образованию духовенства. Епископы Иосиф, Ириней и Арсений покровительствовали семинарии, заботились о поддержании хорошего уровня преподавания, улучшении условий учёбы, предоставляли лучшие священнические места в епархии выпускникам семинарии. В 1796 г., при епископе Арсении, были обретены мощи Феодосия Тотемского. В XIX в. для Вологодской епархии была характерна частая смена архиереев. Подготовка священнослужителей и духовно-нравственное воспитание паствы оставались главными задачами архипастырей: развивалась система духовного образования, создавались православные братства и миссионерские общества, строились богадельни. Вологодские архиереи активно участвовали в научной и культурной жизни епархии. В 1851 г. начал работу епархиальный церковный историко-статистический комитет, много сделавший для изучения церковных памятников края. В 1864 г. вышел в свет первый номер «Вологодских епархиальных ведомостей». Епископ Феодосий открыл попечительство о бедных воспитанниках семинарии, приют при вологодском Горнем женском монастыре преобразовал в епархиальное женское училище, на устройство которого пожертвовал около 20 тыс. руб., выделил капитал в 10 тыс. руб., проценты с которого шли на содержание приюта. В начале XX в. Вологодскую кафедру возглавляли известные духовные писатели и церковные деятели епископ Никон (Рождественский) и Александр (Трапицын). В управлении епархией помощь архиерею оказывали викарные епископы. Во второй половине ХIХ – начале ХХ вв. были учреждены викариатства: Тотемское (1868 г.), Великоустюжское (1888 г.) и Вельское (1910 г.). Великоустюжский викарий имел самостоятельное духовное правление, однако большинство дел утверждалось епархиальным архиереем. В конце 1720 гг. при архиерее была образована канцелярия, в 1744 г. преобразованная в консисторию, которой подчинялись окружные духовные правления. До начала ХIХ в. в епархии действовал институт десятских попов и заказчиков, сменившийся благочиниями. В конце ХIХ в. в Вологодской епархии 49 благочинных осуществляли административный надзор за приходами, четыре благочинных – за монастырями, существовали десятьблагочинных по делам раскола. В Вологодской епархии в 1799 г. действовали 742 прихода, в 1860 г. – 680, в 1900 г. – 719, в 1914 г. – 664 прихода. Храмов было больше: в 1910 г. – 972 (из них 14 соборных, 743 приходских и ружных, 65 монастырских, 23 домовых и при казённых заведениях, 33 кладбищенских, 88 приписных и упразднённых, три походных и подвижных, три единоверческих), 1452 часовни и молитвенных дома. В клире епархии состояли: в 1835 г. – 14 протоиереев, 709 священников, 358 дьяконов, 1526 причётников, в 1860 г. – 13 протоиереев, 771 священник, 168 дьяконов, 1327 причётников, в 1910 г. – 35 протоиереев, 848 священников, 295 дьяконов, 835 псаломщиков.