В 1646 г. по указу царя Алексея Михайловича была составлена новая переписная книга города Вологды, Первой и Заозёрской половин Вологодского уезда, где стольником Иваном Ивановичем Бутурлиным и подьячим Ефимом Ивановым были подробно описаны патриаршие, монастырские и церковные владения. В 1678 г. стольник Пётр Михайлович Голохвастов и подьячий Иван Саблин по указу царя составили новые переписные книги дворов Вологды, а также сёл, деревень и погостов патриарших, монастырских и церковных вотчин в ряде волостей Вологодского уезда. В середине XVII в. в Вологодской епархии было больше 500 приходских храмов и около 70 монастырей и пустыней. В Вологде действовали 60 храмов (16 в городе, включая Софийский собор, и 44 на посаде), из них десять каменных, и пять монастырей. В Вологодском уезде находилось 355 церквей, 37 монастырей и пустыней. Численность белого духовенства составляла около 600 человек. В Великой Перми было 22 прихода, действовали 11 монастырей и пустыней. В Старой Перми в середине XVII в. исследователям известны в Сольвычегодском уезде 32 приходских храма, в том числе пять – в Сольвычегодске, и три монастыря, в Яренском уезде – 50 церквей и девять монастырей, два монастыря действовали в Усть-Сысольском уезде. Усть-Вымь находилась в стороне от торговых путей, не став крупным административным центром, она долго сохраняла местную письменную традицию, являлась центром книжности на коми-зырянском языке с использованием зырянского алфавита. При епископе Филофее в Перми началось ведение летописных записей, отражавших местные события, в конце XV в. эти записи были включены в общерусский свод – Вологодско-Пермскую летопись (Полное собрание русских летописей, том 26). Важнейшим источником по истории Вычегодской Перми в конце XV–XVI вв. является Коми-Вымская летопись, составленная в Усть-Выми в конце XVI – начале XVII вв. иеромонахом Мисаилом, строителем Михаило-Архангельской пустыни, и продолженная благовещенским священником Евтихием, который довёл изложение событий до 1619 г. Составители использовали краткие летописцы прежних Пермских архиереев, летописный свод, составленный в Устюге в начале XVI в., Никоновский свод 1520 гг., жития Пермских святителей Стефана и Питирима, документы, фольклорные произведения. После того как архиепископ Макарий запретил «малым попам» вести летописание, эта деятельность в Усть-Выми прекратилась. Особенностью Коми-Вымской летописи является её местный характер, в памятнике слабо представлены вологодские известия, летопись не использовалась при создании других летописных памятников. Начиная с конца XIV – начала XV вв. исследователям известны рукописи, происходящие из Вологодского уезда: пергаменное Евангелие апракос конца XIV – начала XV вв. (Российская государственная библиотека), Триодь постная 1409 (?) г. (Российский государственный архив древних актов, из библиотеки Спасо-Прилуцкого монастыря) и др. В результате пожаров в Вологде в 1490 гг. сгорели практически все городские церкви как на посаде, так и в кремле, для возобновлённых храмов в большом количестве переписывались богослужебные книги, поэтому сохранившиеся рукописные вологодские книги, как правило не старше рубежа XV–XVI вв.