В XVI в. Вологда стала одним из важнейших центров торговли хлебом в России, здесь собирали значительные пошлины с русских и иностранных купцов, частично эти средства поступали архиерейскому дому и местным монастырям. В Вологодском уезде были монастыри и владения, принадлежавшие епископским кафедрам Великого Новгорода, Ростова и Перми и митрополичьему дому. В начале XVI в. митрополичьи земли находились в волости Тошня, в Воскресенской трети за митрополичьим домом числилось девять деревень Спасо-Каменного монастыря с центром в деревне Родивоново, «что Спас у Вондожского озера». На черносошных землях волости Уфтюга, принадлежавших великому князю, стоял митрополичий монастырь с церквами в честь Преображения и во имя Димитрия Солунского, в волости Лежский Волок на черносошных землях, бывших также во владении великого князя, находился митрополичий Преображенский монастырь, в Ильинской трети на черносошных землях волости Сянжема стояла митрополичья Спасская церковь. В Тотемском уезде также находились владения митрополичьего дома, затем Всероссийских патриархов. 20 июня 1467 г. великий князь Иван III выдал митрополиту Филиппу I жалованную и несудимую грамоту на Воскресенский мужской монастырь «на Пеняге», грамота была подтверждена 21 марта 1475 г. митрополиту Геронтию. В марте 1504 г. великий князбь Иван III выдал митрополиту Симону новую жалованную и несудимую грамоту на митрополичьи владения и людей в Вологодской епархии. Грамота предусматривала, что великокняжеские наместники из Вологды, а также волостели и их тиуны из Тошни не имеют права судить митрополичьих людей, «опричь душегубства и розбоя с поличным». Митрополичьих людей ведал митрополичий приказчик. Грамота неоднократно подтверждалась в правление великого князя Василия III Ивановича (в 1506, 1512 гг. и около 1522 г.). 5 января 1585 г. от имени царя Фёдора Ивановича в Вологду была послана грамота губным старостам, городовым приказчикам и другим приказным людям о невзимании с вотчин митрополита (позднее патриарха), с владений митрополичьих монастырей и детей боярских денежных пошлин (данный акт был подтверждён в 1587, 1598, 1607 и 1613 гг.). В первые годы Смуты (1604–1608 гг.), оказавшись в стороне от основных событий, вологодское духовенство последовательно признавало власть царей Фёдора Борисовича Годунова, Джедмитрия I и Василия Ивановича Шуского. В 1607 г. Вологодский архиепископ Иоасаф получил от царя Василия Ивановича несудимую грамоту на вотчины. В следующем году архиепископ Иоасаф под угрозой расправы был вынужден принести присягу Лжедмитрию II после занятия Вологды войсками самозванца. В ноябре 1608 г. тушинцы были изгнаны из города. По мнению Исаака Массы, признание Лжедмитрия II «пошло бы по всей стране, когда бы вологжане зимою следующего года снова не перешли (на сторону Москвы)». 22–25 сентября 1612 г. интервенты ненадолго захватили город, Вологда ещё раз была разграблена и сожжена в 1613–1614 гг. войсками атамана Баловня. 1 мая 1614 г. со стороны реки Шексны, волости Череповесь и Белозерского уезда на территорию Вологодской епархии напали «воры казаки и черкасы», опустошившие волости, где находились владения архиерейской кафедры, а также Павло-Обнорский, Корнилиев Комельский и Николо-Катромский монастыри.