По его повелению Пахомий Логофет в 1473 г. составил службу Стефану Пермскому. В 1482/1483 г. великий князь Иван III выдал жалованную, тарханную и несудимую грамоту епископу Филофею на его городки, погосты и деревни по реке Вычегде. Данный документ отражает основной состав земельных владений Пермской кафедры, ранее подтверждавшийся Московскими великими князьями Дмитрием Ивановичем, Василием I Дмитриевичем и Василием II Васильевичем. За Пермским архиереем и его преемниками подтверждались права на Усть-Вымский городок, вымские деревни «на Ибу», погост Аквад, «деревни на Коковицкой горе Коковиса», в Еренском городке – деревни Базлуга и Яма на реке Вычегде, Вожемский погост и городок Вожемская гора на реке Водже. Жившие на этих землях люди были освобождены от выплаты дани и податей. Во всех делах епископ судил их сам, «опроче душегубства». Великопермские епископы имели также владения в соседней Ростовской епархии, близ Великого Устюга («на Виляде» – в Ильинском, Покровском, Никольском и Усть-Вилядском погостах). В 1484/1485 г. великий князь Иван III выдал жителям Вычегодской Перми подтвердительную жалованную грамоту на наследственное владение реками, озёрами и угодьями. Грамота разделяла имущество жителей Перми и кафедры и запрещала епископу Филофею и его слугам чинить «обиды великие» местным жителям, у которых они «поимают… сильно их дедины и отчины, печища, реки, и озёра, и куньи участки». Грамота запрещала вымским князьям и «большим» волостным людям отдавать в закуп или на помин души деревни, реки, озёра и иные угодья Пермским епископам, их слугам, десятинникам, игуменам и священникам, которые не имели права вмешиваться «в волостные дела». Грамота устанавливала, что за совершение крещения, других треб архиерей и его люди не имели права брать с жителей Перми в качестве вклада волостные угодья и пожни. По содержащимся в грамоте косвенным указаниям исследователи считают, что эти запреты были установлены раньше – при епископе Ионе. Чтобы избежать злоупотреблений, великий князь поручал сбор владычных и церковных даней местным старостам, которые затем передавали их десятинникам епископа Филофея. В грамоте упомянуты существовавшие в епархии Троицко-Вознесенский монастырь «на Удоре ж на Вондюге» и домовые архиерейские монастыри в Сысольской земле: во имя Афанасия Великого «на Сысоле ж на Воче» и во имя Николая Чудотворца «на Сысоле ж на Пылде». 19 ноября 1490 г. великий князь Иван III выдал епископу Филофею новую жалованную грамоту на деревни, дворы, пустоши, земли, пожни, реки, участки озёр и другие угодья Пермской кафедры в вымских и вычегодских землях. Грамота также содержит упоминания о землях, озёрах, реках и угодьях, которые «поимали передние владыки Пермские и владыка Филофей». Великий князь запретил Пермскому епископу вступать в эти владения, земли были записаны в тягло Вычегодской земли и переданы своим прежним владельцам. После присоединения в 1492 г. к Великопермской епархии Вологды Усть-Вымь в продолжение почти столетия оставалась центром епархии, хотя архиереи продолжительное время проводили в Вологде и в летописях в первой половины XVI в. часто назывались Вологодскими. В 1493 г. «в своём монастыре на Вологде» епископ Филофей повелел строить «церковь вверх Святое Вознесение Господа и Бога и Спаса Иисуса Христа» (Полное собрание русских летописей, том 26).