В 1796–1797 гг. по благословению Воронежского епископа Мефодия (Смирнова) строитель Валуйского монастыря иеромонах Ермоген упразднил питейные дома близ обители, за что подвергся преследованию от братии и был вынужден удалиться в Толшевский монастырь. Пришедший в запустение Валуйский монастырь не был упразднён благодаря многочисленным исцелениям и знамениям, которые происходили по молитвам паломников перед иконой святителя Николая. Известия о чудотворениях привлекали в обитель богомольцев, делавших зачастую значительные вклады. При строителе иеромонахе Иоиле (упоминается в 1787 г.) на деньги черниговского помещика И. Силича при содействии валуйского городничего А. Тыртова был сооружён каменный трапезный храм, и начаты работы по перестройке ветхой деревянной Успенской церкви. При строителе иеромонахе Тихоне (упоминается в 1794 г.) велось восстановление Успенской церкви, обвалившейся «от неискусного ея устройства». В 1808 г. строитель иеромонах Иосиф завершил восстановление Успенского храма и поставил настоятельские кельи. При иеромонахе Иринее (1810–1820 гг.) по составленному им плану был возведён первый каменный двухэтажный Успенский собор. В начале 1820 гг. была сооружена каменная монастырская ограда. Благодаря деятельности Воронежских епископов Антония (Смирницкого) и Игнатия (Семёнова) при настоятелях иеромонахах Иннокентии (1826–1839 гг.), Викторе и Полиевкте (1838–1860 гг.) Валуйский монастырь стал одним из духовных центров Южной России. В 1839 г. в обители была освящена колокольня, вскоре начато строительство храма во имя иконы Божьей Матери «Троеручица», здания приюта для мальчиков. По благословению Антония ежегодно в седьмую неделю по Пасхе совершался крестный ход с чудотворной иконой святителя Николая из монастыря в собор города Валуйки, икона торжественно возвращалась в обитель на Духов день. С 1860 гг. при Валуйском монастыре действовала школа для детей-сирот, проживавших в подмонастырской слободе. Монастырь одевал, обувал, кормил и обучал около сотни детей, которые вместе с насельниками пели в монастырском хоре. В обители существовали крупная библиотека, иконописная, столярная, кузнечная, сапожная, портняжная, слесарная мастерские, водяная и паровая мельницы, свечной завод, аптека и приёмный покой для больных.