В центральной апсиде внизу изображены святители, выше – «Евхаристия», в конхе апсиды – Богоматерь с Младенцем на троне. На своде располагается «Вознесение». Вдоль стен в арках представлены святые. На галерее находятся изображения евангельских сцен. Цикл начинается на южной стене алтаря, где расположено «Рождество Христово». «Крещение» и «Преображение» помещены на южном своде, на западной и северной – «Воскрешение Лазаря», «Вход в Иерусалим», сюжеты Страстного цикла и «Воскресение Христово». На стенах галереи изображены апостолы от 70-ти. В четырёх боковых куполах помещены образы ветхозаветных патриархов и пророков в окружении херувимов и серафимов. Во фресках в соответствии с характерными для палеологовского искусства тенденциями действие разворачивается на фоне сложных архитектурных кулис, пространство наполнено многочисленными фигурами небольших размеров, представленными в сложных разворотах. Этой живописи присущи изысканность и богатство цветовой гаммы. В нартексе сохранились композиции на евангельские сюжеты, в том числе исцеление слепого, исцеление тещи Петра, беседа с самарянкой, чудо в Кане Галилейской и др. В тимпане над входом в церковь – поясное изображение Богоматери «Знамение», с Иоакимом и Анной по сторонам. По мнению М. Хадзидакиса, сцены чудес в нартексе, а также святые на западной галерее и роспись северного парекклисиона нартекса были выполнены другим мастером, для которого характерна сдержанность движений, фигуры святых написаны так, словно образуют ритмичный фриз. В северном парекклисионе нартекса находятся два захоронения: архимандрита Пахомия (в аркосолии фрагментарно сохранилось его коленопреклонённая фигура перед Богоматерью) и деспота Федора I Палеолога (монах Феодорит, ум. в 1407 г.). Он дважды изображён в парекклисионе: как деспот и как монах. На стенах парекклисиона в нескольких регистрах – образы патриархов, пророков, апостолов и других святых. В юго-западном парекклисионе на стенах воспроизведены тексты императорских хрисовулов. На своде изображены четыре ангела, поддерживающие мандорлу со Христом. Из мандорлы исходят четыре световых луча, в каждом – рука, держащая развёрнутый хрисовул. Под крыльями ангелов начертаны стихи, в которых прославляется деятельность архимандрита Пахомия на благо монастыря. В небольшом по размеру юго-восточном парекклисионе изображены «Тайная вечеря» и митрополит Евхаитский Иоанн Мавропод перед тремя святителями: Иоанном Златоустом, Василием Великим и Григорием Богословом. Дата этой росписи – 1366 год, что следует из монограммы игумена Киприана, расположенной над входом.