Казённый приказ распоряжался сборами, поступавшими в патриаршую казну. Дворцовый приказ ведал хозяйством патриаршего дома; в его подчинении находились все светские чиновники патриарха. Персонал приказов составляли духовные и светские лица. Освященные Соборы при патриархах созывались реже, чем при автокефальных Московских митрополитах, но они оставались высшей инстанцией власти в Русской церкви. В 1700 г., после кончины патриарха Адриана, во главе Русской церкви по указанию царя Петра I был поставлен митрополит Рязанский Стефан (Яворский) со званием «экзарх, блюститель и администратор Патриаршего Стола» или «Местоблюститель Патриаршего престола». Период межпатриаршества, или местоблюстительства, продолжался 20 лет. В условиях затянувшегося межпатриаршества император Пётр I обдумывал проблему коренной реформы высшего церковного управления. По его указанию Псковский архиепископ Феофан (Прокопович) составил проект создания Духовной коллегии. Этот проект под названием «Духовный регламент» был написан к февралю 1720 г. После утверждения его сенатом и Освященным Собором 14 февраля 1721 г. состоялось открытие новой коллегии. В неё вошли митрополит Стефан в должности президента, два вице-президента в архиерейском сане, четыре советника из архимандритов, четыре асессора из пресвитеров и один из монашествующих священников-греков (по примеру других коллегий, куда назначались иностранные члены). Коллегия получила название «Святейший Правительствующий Синод». Основания для замены патриаршего управления синодальным подробно изложены в предисловии к «Духовному регламенту»: 1) Собор скорее может найти истину, чем одно лицо; 2) определения, исходящие от Собора, авторитетнее, чем единоличные указы (в доказательство этого утверждения делается ссылка на то, что и монарх в важнейших делах советуется с высшими государственными сановниками); 3) при единоличном правлении дела часто приостанавливаются из-за личных обстоятельств правителя, а в случае его смерти течение дел и вовсе прекращается на некоторое время; 4) в коллегии нет места пристрастию, от которого может быть несвободно одно лицо; 5) коллегия имеет больше свободы в делах правления, ибо ей нет нужды опасаться гнева и мщения недовольных судом, а одно лицо может оказаться подверженным такому страху; 6) от соборного правительства государству нечего опасаться мятежей и смут, какие могут произойти от одного духовного правителя; 7) все члены коллегии имеют равные голоса, и все, не исключая и её президента, подлежат суду коллегии, в то время как патриарх мог бы не захотеть судиться у подчинённых ему епископов и самый этот суд в глазах простого народа показался бы подозрительным и некрепким; так что для суда над патриархом понадобилось бы созывать Вселенский собор, что ввиду отношений России с Османской империей весьма затруднительно; и, наконец, 8) соборное правительство должно стать школой духовного управления.