Первый автокефальный русский первоиерарх Иона, имея резиденцию в Москве, носил ещё титул митрополита Киевского и всея Руси. Его преемник Феодосий был титулован уже как митрополит Московский. После установления в Москве автокефалии западные русские епархии образовали отдельную митрополию, вначале называвшуюся по-старому – Киевской и всея Руси, а потом – Киевской и Галицкой. До воссоединения с Московской патриархией в конце XVII в. она оставалась зависимой от Константинопольского патриарха. Права автокефальных Московских митрополитов относительно подчинённых им епархий соответствовали канонам. Митрополиты созывали епископов на так называмые Освященные Соборы и председательствовали на них. Принято было за правило, чтобы архиереи собирались в Москву для совещаний не реже одного раза в год. По необходимости епископы собирались чаще. Иногда прибывшие на Собор архиереи надолго задерживались в столице, составляя с малыми промежутками времени целый ряд Соборов. В случае необходимости созывался Собор из находившихся в Москве епископов, подобный Константинопольскому «синоду эндимуса». Для этого почти все архиереи имели в Москве постоянные подворья. Характерно и то, что в Соборах принимали участие не только архиереи, но и архимандриты, игумены, пресвитеры, носители светской власти: великие князья, впоследствии цари, бояре. В 1589 г., при царе Фёдоре Ивановиче по хлопотам боярина Бориса Годунова на Руси было учреждено патриаршество. Первый Московский патриарх Иов был поставлен при участии Константинопольского патриарха Иеремии II, который находился тогда в России для сбора милостыни. В мае 1590 г. патриарх Иеремия созвал в Константинополе Собор, который утвердил учреждение патриаршества в Москве и указал Московскому патриарху пятое место в диптихе после восточных патриархов. От восточных патриархов русский первосвятитель отличался, прежде всего, тем, что при нём не было постоянного Собора – синода, какой в то время уже состоял при патриархах на Востоке, а также тем, что он не являлся третьей инстанцией, возвышающейся над епархиальными епископами и митрополитами. Сан митрополита, присвоенный после поставления патриарха Новгородскому, Ростовскому, Казанскому и Крутицкому архиереям, являлся с этих пор простым титулом; по властным полномочиям эти архиереи оставались теми же епископами, какими были и другие архипастыри. При патриаршей кафедре были открыты приказы, которые первоначально заведовали делами Патриаршей области, но впоследствии их полномочия распространились на всю территорию Русской церкви. В Приказе духовных дел, или Патриаршем разряде, готовились настольные грамоты духовным лицам, получавшим рукоположение от патриарха, благословенные грамоты на сооружение церквей, а также вершился суд над клириками и мирянами.