В октябре 1523 г. состоялся второй диспут, на котором обсуждались вопросы о церковных авторитетах, образах, святых, чистилище и мессе, а в январе 1524 г. – третий, где речь шла о судьбе монастырей (этот диспут привёл к закрытию монастырей, к секуляризации (изъятию) их имущества, к формальному уничтожению целибата). Цюрихский совет сделал выбор в пользу протестантизма, а Цвингли пошёл на разрыв с анабаптистами, призывавшими к социальной справедливости в обществе и установлению Царства Божьего на земле. После этого Цвингли мог приступить к заявленным реформам. Он сделал это с благоразумной осторожностью и терпимостью, исключая всякое насилие. Прежде всего, он позаботился, чтобы латинский язык в богослужении был заменён немецким. Затем было заключено соглашение между капитулом и городским советом, по которому капитул отказывался от своих светских прав и привилегий, пообещав содержать необходимое для города число проповедников. За это каноники получали право пожизненно пользоваться своими доходами; но после смерти членов действующего капитула их доходы не передавались их преемникам и должны были пойти на нужды образования и поддержание бедных. Монахам и монахиням было позволено выходить из монастырей, духовенству – вступать в брак (сам Цвингли в 1524 г. женился на вдове Анне Мейер). Обнаружившееся на втором диспуте иконоборческое направление цвинглианства послужило основанием для целого ряда декретов городского совета, который в мае 1524 г. постановил вынести из церквей иконы, а драгоценности, принадлежавшие иконам, употребить на бедных, которые «представляют истинный образ Божий». Сначала была уничтожена обязательная месса (окончательно – в 1525 г.), а затем было положено начало особой цвинглианской литургии, первым шагом к созданию которой послужил введённый в 1523 г. чин обряда крещения. Указом отменялись изображения, затем предали погребению мощи святых, запретили органную музыку и колокольный звон по умершим, богослужение было сведено к проповеди и пению псалмов, всем желающим было разрешено причащаться обоими видами – вином и хлебом. Ещё в первых своих тезисах Цвингли установил следующий принцип: «Все законы должны быть согласны с волей Божьей; следовательно, они должны охранять притесняемых даже в том случае, если они не жалуются». Ответом на этот тезис был особый устав о милостыни («Ordnung und Artikel antreffend das Almosen»), изданный в январе 1525 г. Затем была основана смешанная комиссия из духовных и светских лиц, в которой обсуждались все дальнейшие церковные мероприятия. По форме это были периодические собрания духовенства, на которые допускались и представители общин, где обсуждались различные вопросы церковной дисциплины, назначались и подвергались испытанию новые проповедники. В лице этой комиссии был создан первый орган новой церкви, зародыш будущего церковного совета или синода (в 1528 г. организация новой церкви завершилась учреждением синода). Цвингли вступил в полемику с Мартином Лютером по вопросу о евхаристии (причащении), а в конце 1520 гг. сделал попытку организовать в Швейцарии Союз протестантских кантонов, во главе которого были бы Берн и Цюрих. Разрывая с католической церковью, Цюрих должен был отказаться и от обрядовой стороны католичества. Комиссией было издано составленное Ульрихом Цвингли руководство для священников – «Christliche Inleitung». Богослужение было упрощено; латинский язык заменён немецким; причастие давалось под обоими видами; монастыри обращены были в школы, приюты и госпитали, монастырское имущество секуляризовано; безбрачие духовенства упразднено.