Автором нового трёхмануального инструмента был органный мастер Фридрих Кребс из Ансбаха (Средняя Франкония). Судя по гравюрам того времени, исследователи признают, что внешне тот орган отличался от нынешнего только наличием расписных створок. Кребс оставил потомкам своеобразную «подпись» в орнаменте органа: над позитивом он поместил два украшения в форме клешней (фамилия Кребс переводится с немецкого как «рак»). Орган Кребса вскоре был серьёзно перестроен в соответствии со вкусами нового времени (работы велись в 1507–1511 гг.; ими руководил органный мастер из Кёльна Ганс Зюсс). Какое-то время, в самый разгар Реформации, орган не звучал. Потом, в 1542 и 1564 гг., проводился ремонт инструмента. В 1609 г. он был снова кардинально расширен: начиналась самая плодотворная эра органной музыки, и требовался соответствующий инструмент (мастером на этот раз был Антон Нойкнехт из Равенсбурга). После Тридцатилетней войны (1618–1648 гг.) орган вновь расширял мастер Матиас Третцшер из города Кульмбах (Верхняя Франкония; 1660 г.). Теперь это был поистине огромный, мощный инструмент (с прежним прекрасным проспектом, но уже без створок). Андреас Зильберман (1678–1734 гг.) в 1713 г. признал этот инструмент не подлежащим восстановлению и построил новый орган (он и проспект хотел заменить, но от него потребовали сохранить прежний). Работы велись с 1714 по 1716 гг. Получился самый большой из всех зильбермановских органов в Эльзасе. На нём красовалась надпись: «Его зовут Зильберман (т.е. серебряный человек), а дела у него золотые». Это – один из самых красивых инструментов Андреаса Зильбермана, созданный мастером в эпоху расцвета его искусства. В XIX в. орган несколько раз ремонтировался и модифицировался, особенно в 1870 гг., поскольку инструмент (как и собор вообще) сильно пострадал во время прусской осады 1870 г. Мастера, проводившие эти работы, относились к наследию Зильбермана бережно и с уважением, в отличие от своего коллеги Генриха Кулена, который вышел на сцену несколько позже. Реконструкция, выполненная им в 1897 г., была признана экспертами той эпохи крайне неудачной: орган был полностью испорчен, как и репутация немецкого мастера (новый орган начали критиковать ещё до завершения работ). Генрих Кулен пытался «усовершенствовать» Зильбермана с помощью современных технологий, а в итоге получился «убийственный» инструмент, к тому же через несколько лет он пришёл в полную негодность (перед Первой мировой войной, во время проведения ремонтных работ в соборе, орган пришлось демонтировать). Большая часть труб была реквизирована и отправлена на переплавку (немцам нужно было олово). После войны заговорили о возможности восстановления прежнего змльбермановского органа. Конкурсная комиссия, которую возглавил Шарль-Мари Видор, остановила свой выбор на страсбургском органном мастере Эдмоне Рётингере (1866–1953 гг.). В 1935 г. он построил орган во французском стиле (правда, насчёт механики из-за недостатка знаний Рётингер схитрил: для рюкпозитива он всё-таки использовал пневматику, что было неудачно для местных условий влажности, температуры и т.п.). В новом органе сохранилось около 250 оригинальных зильбермановских труб. Наконец, в 1981 г. страсбургский органный мастер Альфред Керн выполнил очередную реконструкцию органа (точнее, построил новый инструмент) на основании разработок Мишеля Шапюи, который в 1954–1963 гг. служил  органистом в Страсбургском соборе. Эта реконструкция (теперь трактура была полностью механической) была признана в высшей степени удачной, так что у города появился инструмент, прекрасный не только внешне, но и по звучанию. Для Альфреда Керна эта почётная работа стала, по сути, последним значимым проектом; он вложил в неё все свои знания и аккуратность (в органе Страсбургского собора на сегодняшний день три мануала и 47 регистров).