28 мая 1811 г. Моисей был переведён на Нижегородскую кафедру. Согласно резолюции императора Александра I, ему было выдано «на проезд и обзаведение дома 1000 рублей из сумм, на Духовный Департамент назначенных». 15 июля того же года служил последнюю литургию в пензенском кафедральном соборе, в прощальном слове к пастве признавался, что Пенза и Саратов «сделались навсегда любезными» его сердцу. В духовном завещании Моисей писал: «О, если бы я и умер Пензенским и Саратовским Архиереем!» За труды по управлению Пензенской епархией 12 декабря 1808 г. награждён орденом святой Анны первой степени. 23 июля 1811 г. Моисей прибыл в Нижний Новгород, 24 июля приветствовал новую паству в кафедральном Преображенском соборе. Много внимания уделял улучшению состояния духовно-учебных заведений епархии и повышению духовного образования юношества; часто посещал вверенную его наблюдению семинарию, ректором которой в 1818–1828 гг.  был архимандрит Гавриил (Городков); внимательно читал акты, приготовленные для диспутов, поощрял наставников к занятию науками. Опытный педагог и преподаватель, обладавший разносторонними познаниями, Моисей выявил определённые недостатки в постановке обучения и написал «новую программу преподавания наук по такому методу, какой считал самым удобным для Русского духовенства». Этой системы в семинарии придерживались до выхода указа о её преобразовании 15 октября 1818 г., которое, по замечанию биографа, архиерею «не совсем приятно» было видеть. Моисей составил учебник по риторике, записки по каноническому праву, толкование на литургию Василия Великого и образцы для катехизических бесед (не изданы). Среди рукописей архива Синода указаны сочинения Моисея: «Начертание гомилетической богословии» (1823 г.) и «Систематическое сокращение Догматической и Нравственной богословии» (извлечённое из молитв Василия Великого по литургии начиная с «Достойно и праведно есть» и до «Отче наш»). В 1820 г. по ходатайству архиерея Нижегородская духовная семинария была причислена к третьему разряду, смета на её содержание увеличена до 20 390 руб. После пожара, случившегося в семинарии в августе 1823 г., Моисей инициировал строительство нового здания, к 1825 г. была утверждена смета на строительство. В 1821 г. Моисей открыл два духовных училища: приходское, при арзамасском Спасском монастыре, на пожертвования «от доброхотных дателей», и уездное, «с бурсою» в нижегородском Печерском в честь Вознесения Господня монастыре, настоятелем которого с 1821 г. был архимандрит Гавриил (Городков). При основании Российского библейского общества Моисей был членом Санкт-Петербургского комитета. В 1814 г. в звании благотворителя внёс единовременно на деятельность общества 300 руб., сумму весьма значительную по сравнению с другими, указанными в списке пожертвований. Обычная сумма взноса составляла от 1 до 15 руб., реже – 20 и 25 руб., очень редко – 100 руб. Был вице-президентом Нижегородского комитета общества, открытого 7 апреля 1818 г. На собраниях членов общества Моисей говорил «сильные речи…, указывая на пользу распространения слова Божия». Почётный член Московского общества истории и древностей Российских. Проповеди Моисея, отличавшиеся множеством обращений, восклицаний, сравнений и других риторических «украшений», служили образцом красноречия того времени. Обилие риторических тропов и фигур не затеняло главного достоинства, заключавшегося в богатом содержании поучений.