Иной рассказ о том же самом событии предлагается в антимаркионовском прологе, где сообщается, что «еретик Маркион» был «отлучён Иоанном» (abiectus/proiectus est a(b) Iohanne), осудившим его за то, что тот принимал нечто противное истинному учению. В прологе также говорится, что Маркион привёз писания и послания, отправленные христианами Понта; тем самым объясняется, зачем Маркион оказался в Малой Азии (Эфес как место действия в прологе прямо не упоминается, но подразумевается). Подавляющее большинство исследователей целиком отвергали первую и вторую версии рассказа как явно анахроничные. Однако в действительности они могут быть искажёнными пересказами общего источника, отразившего некое реальное событие. Содержание и двусмысленные грамматические конструкции пролога позволяют исследователям предположить, что в первоначальном повествовании речь могла идти о том, что Маркион прибыл с письмами в Эфес к ученику апостола Иоанна Паппию, епископу Иерапольскому, который прямо упоминается в прологе до рассказа о Маркионе. При переработке первоначального повествования Папий оказался спутан с апостолом Иоанном. Если Маркион покинул Синопу после отлучения от местной церкви в начале 140 гг. и направился в Рим на принадлежавшем ему корабле, он действительно мог посетить Эфес, с географической точки зрения располагающийся недалеко от обычного морского пути из Синопы в Рим. Исследователи не исключают, что в Эфесе Маркион не только представил некие письма от понтийских христиан, но и изложил собственные религиозные мнения местным пресвитерам, в числе которых могли быть связанные с эфесской общиной Папий и Смирнский епископ Поликарп. В этом случае приводимые Иринеем Лионским рассуждения некоего пресвитера («ученика апостолов»), посвящённые доказательству того, что Ветхий и Новый Заветы не противоречат друг другу и происходят от одного Бога, могут свидетельствовать о том, что учение Маркиона стало известно эфесским пресвитерам ещё до начала проповеди Маркиона в Риме и сразу же было ими отвергнуто. Кроме того, эфесские пресвитеры могли предложить Маркиону в качестве возражений отрывки из принимаемого ими текста Евангелия от Иоанна. Поскольку Маркион не согласился с ними, они не приняли его в местную общину и обличили как еретика. Это и послужило исторической основой сообщения, впоследствии превратившегося в легенду об опровержении и отлучении Маркиона «апостолом Иоанном». Иероним Стридонский замечал, что до прибытия в Рим Маркион направил туда некую женщину, которая будто бы «приготовила души для принятия его заблуждений» (в других источниках об этом не сообщается). Исследователи полагают, что сразу же после прибытия в Рим Маркион пожелал быть принятым в местную христианскую церковь и пожертвовал общине римских христиан значительную денежную сумму, 200 тыс. сестерциев (современные исследователи считают, что эта сумма была приблизительно равна цене хорошего дома). Хотя в литературе высказывались предположения о том, что эти деньги были получены Маркионом от продажи принадлежавшего ему корабля и составляли всё имевшееся у него имущество, источники не дают основания для такого заключения; денежная сумма могла быть лишь частью личного состояния Маркиона, заработанного торговлей. Согласно Тертуллиану, после разрыва Маркиона с Римской церковью внесённая денежная сумма была ему возвращена.