Позднейший квазиисторический эпос этого народа сохранил предания о маронитских вождях, которые со своими дружинами активно участвовали в локальной политике, выступая как вассалы крестоносцев – владетелей побережья. Тесные контакты Римско-католической церкви с маронитскими иерархами и знатью привели к принятию маронитами унии с Римом (1182 г.). В тот период марониты воспринимали унию как исключительно политическое выражение лояльности; в их религиозном укладе ничего не изменилось, о чём сохранились свидетельства в многочисленных донесениях папских легатов, работавших в Ливанских горах в XII–XIII вв. Поражение крестоносцев в конце XIII в. привело к ослаблению связей маронитов с Западом. В маронитской среде усилилось идейное влияние яковитов, переселявшихся в Горный Ливан. Противостояние яковитской и прокатолической партий завершилось в конце XV в. локальной гражданской войной и изгнанием яковитских монахов из области Бшарри. С этого времени исследователи отсчитывают окончательное обращение Маронитской церкви в унию с Римом, хотя западным миссионерам пришлось ещё несколько веков приводить догматику и культовую практику маронитов в соответствие с католическими представлениями. В конце XIV – начале XVII вв. в высокогорной области Бшарри существовало автономное административное образование, возглавлявшееся маронитскими вождями-мукаддамами. Значительные группы маронитов мигрировали на Кипр, где сложился особый кипрско-маронитский диалект арабского языка (в настоящее время находится на грани исчезновения); в конце XV в. образовалась маронитская колония в Халебе (единственная городская община). В раннее Новое время усилилась интеграция Маронитской церкви с Римско-католической церковью. В XVI в. в Ливанских горах работали иезуитские миссии, которые провели ревизию монастырских библиотек, сопровождавшуюся сожжением «еретических» рукописей, и начали планомерную латинизацию обряда. В 1584 г. в Риме открылось училище Маронитская коллегия (Collegium maronitarum) для подготовки кадров маронитского духовенства. Выпускники коллегии, среди которых был ряд выдающихся учёных и церковных иерархов, составили интеллектуальную элиту своей общины. Крупнейшими представителями маронитской науки и культуры Нового времени были проповедник и историограф францисканец Джибраил ибн аль-Килаи (ум. в 1516 г.), автор основополагающих исторических трудов патриарх Истифан ад-Дувайхи (ум. в 1704 г.), филолог и поэт архиепископ Халеба Герман Фархат (ум. в 1732 г.). Маронитская историография носила острополемический и, в основном, мифологизированный характер. Пытаясь снять обвинения в «еретическом» прошлом своей общины, маронитские учёные отрицали приверженность своих предков монофелитскому учению, настаивали на извечной ортодоксии Маронитской церкви и её преданности Римскому престолу. В османскую эпоху маронитская община Кипра пришла в упадок и почти исчезла, тогда как североливанские марониты развернули активную территориальную экспансию на юг вдоль хребта Ливан – в область Кесруан (в XVIII в. сюда переместился их церковный центр) и далее в Эш-Шуф, где христиане селились среди местных друзов. Отдельные группы маронитов дошли до Галилеи, Антиливана, Дамаска. Маронитская знать и церковь тесно взаимодействовали с правившими в Ливане династиями эмиров Маанов и Шихабов.