В 1532 г. издал свой первый поэтический сборник «Клеманова юность» («Adolescence Clémentine»), который принёс ему большую популярность в придворных кругах. В том же году Парижский парламент возбудил против него процесс по обвинению в ереси, который, однако, был прекращён благодаря заступничеству Маргариты Валуа. В 1532–1534 гг. в качестве придворного поэта написал большое количество рондо, этреннов (мадригалов), эпиграмм и баллад; издал сочинения Франсуа Вийона (1532 г.). После Ночи плакатов 17–18 ноября 1534 г., когда тайные сторонники Реформации расклеили в королевском замке в Амбуазе антикатолические листовки, попал в список подозреваемых (седьмым из семидесяти трёх). Узнав о грозящем обыске и аресте, бежал из Турени в Нерак (Аженуа) к Маргарите Валуа, ставшей к тому времени королевой Наваррской. Прожив у неё несколько месяцев, уехал по её совету в Италию; нашёл приют в Ферраре при одном из самых блестящих итальянских дворов той эпохи – дворе Рене Французской, дочери Людовика XII и супруги феррарского герцога Эрколе д'Эсте, которая покровительствовала гуманистам и симпатизировала Реформации; затем перебрался в Венецию. Обратился к Франциску I и дофину с просьбой о помиловании. Зимой 1536/1537 гг. по ходатайству друзей-придворных получил разрешение вернуться на родину. В Лионе принёс торжественное покаяние перед кардиналом Франсуа де Турноном; был восторженно принят поэтами Лионской школы во главе с Морисом Севом. После возвращения в Париж отблагодарил своих заступников в специальном послании «Да хранит Бог двор» («Dieu gard à la cour»). Вступил в спор с нормандским священником Франсуа де Сагоном, посредственным поэтом и ретроградом, который обрушился на него с грубыми нападками ещё во время пребывания Маро Клемана в Италии, и написал в стихах язвительный памфлет «Фрипелипп, слуга Маро, Сагону» («Fripelippes, valet de Marot, à Sagon»); этот спор, разделивший французских поэтов на два лагеря, завершился полной победой Клемана Маро (на его стороне выступили Бонавентура Деперье, Франсуа Рабле, Меллен де Сен-Желе, Антуан Эроэ, Морис Сев) и др. В 1537–1541 гг., помимо любовных «новостей» («actualites»), этреннов, эпиграмм и т.п., обращался и к более серьёзным сюжетам: осуществил стихотворный перевод двух «Бесед» Эразма Роттердамского и написал «Королевское христианское песнопение» («Chant royal chrestien»), «Гимн христианского мира в честь прибытия императора и короля в Ниццу» («Cantique de la chrétienneté sur la venue de l'empereur et du roy au voyage de Nice») и «Похвалу королю под именами Пана и Робена» («Eglogue au roy sous les noms de Pan et de Robin»).