Предположительно с августа 1921 г. до своего ареста являлся настоятелем университетской церкви, перемещённой из главного здания университета в один из соседних домов на Биржевой линии и освящённой в честь Всех святых, в земле Российской просиявших. В.К. Лозина-Лозинский был арестован 4 февраля 1924 г. по делу о «православных братствах», одновременно с епископом Мануилом (Лемешевским), который управлял тогда Санкт-Петербургской епархией (ранее В.К. Лозина-Лозинский в течение нескольких месяцев служил вторым священником в церкви Космы и Дамиана, где настоятельствовал епископ Мануил, окормляя Спасское братство). На допросах отвечал осторожно, не желая никого предать. 17 мая был освобождён. 15 февраля следующего года В.К. Лозину-Лозинского арестовали вместе с группой выпускников императорского Александровского лицея по обвинению в «причастности к деятельности монархической организации, выразившейся в том, что он по поручению представителей организации служил открыто панихиды по бывшим царям, в том числе по расстрелянному Николаю, также служил панихиды по расстрелянным и умершим при советской власти, чем вносил возбуждение в тёмные массы, посещающие церковь». В.К. Лозина-Лозинский в числе 34 человек был приговорён к расстрелу, в окончательном приговоре 29 июня 1925 г. высшую меру наказания заменили заключением на десять лет в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). Соловчане-лагерники оставили воспоминания о В.К. Лозине-Лозинском, которого отличали «аристократизм породы, наклонностей и привычек... врождённый такт и, главное, светившаяся в нём глубокая любовь к человеку...» В ноябре 1928 г. заключение в лагере было заменено пятилетней ссылкой, которую В.К. Лозина-Лозинский отбывал в деревне Пьяново, в 150 км от Братска, вместе с епископом Василием (Зеленцовым). В августе 1933 г. В.К. Лозина-Лозинский вернулся в Ленинград, в прописке ему отказали, и он был вынужден поселиться в Новгороде, получил место священника в Успенской церкви в Волотове. В 1935 г. назначен настоятелем новгородского кафедрального Михаило-Архангельского собора на Прусской ул. 14 мая 1936 г. В.К. Лозина-Лозинский был вновь арестован, 26 мая направлен на обследование в областную психиатрическую больницу, по заключению конференции врачей больницы 25 ноября 1937 г. признан вменяемым и 8 декабря вновь арестован. Обвинение строилось на показаниях одного из ранее арестованных прихожан В.К. Лозины-Лозинского, который признал, что организовал «контрреволюционную группу» с программой «Народная демократия на основе неогосударственного капитализма», в числе членов группы был назван и В.К. Лозина-Лозинский. Виновным себя не признал и существование группы не подтвердил. Расстрелян по постановлению особой тройки от 19 декабря 1937 г. Прославлен Архиерейским юбилейным собором РПЦ 2000 г.