В 1510 г. он был отправлен с поручением в Рим, а с 1516 г. начал проповедовать для народа в соборной Виттенбергской церкви. Чтобы лучше вникнуть в смысл Священного Писания, Лютер всерьёз занялся греческим и еврейским языками; именно здесь его необыкновенное дарование раскрылось во всей своей полноте. Успех проповедей Лютера был громадный, и они неизменно собирали толпы народа. Регулярно проповедуя в приходской церкви, Лютер быстро выдвинулся и на преподавательском поприще. Однако прежние страхи продолжали его преследовать. Первоначально он надеялся заслужить рай суровым образом жизни, но вскоре пришёл к убеждению, что человек не в силах совершить нечто настолько благое, что позволило бы ему по праву претендовать на милость Бога. Он заметил, что не способен даже исповедать все свои грехи: некоторые из них ускользают из памяти, а другие совершаются вообще бессознательно, так что человек не видит своей греховности, пока Бог-Судия не укажет на них перстом. Тщательно изучив церковную систему покаяния, Лютер убедился, что грехи, которые он не в состоянии был одолеть и искоренить, всё же могут быть прощены. Однако мистический путь, состоящий в отказе от всякой борьбы и уповании на чудо и милость Бога, не представлялся ему удовлетворительным решением, т.к. для Лютера Бог был «огнём поядающим». Решение проблемы пришло к нему не в результате внезапного озарения, но именно в результате чтения Священного Писания, которое ему пришлось изучать особенно пристально, когда он был назначен на кафедру библейской экзегезы в Виттенбергском университете. Подготовив и прочитав в 1513–1516 гг. курсы лекций, посвящённых изъяснению Псалмов и посланий апостола Павла к Римлянам и Галатам, Лютер пришёл к убеждению, что спасение человека зависит исключительно от Божьей благодати, которая стала доступной только благодаря жертвенной смерти Иисуса Христа. Во время работы над комментариями к «Посланию к Римлянам» он обнаружил в нём положение, которое вскоре стало ключевым понятием протестантизма – оправдание верой (принцип Sola Fide). Это понятие связано с христианским догматом о первородном грехе. Согласно христианскому учению, человеческая природа вследствие грехопадения Адама испортилась: человек родится в грехе, с наклонностью к греху; разум и воля человека не в силах возвести его на высоту, утраченную Адамом. Иисус Христос, искупивший Своей крестной смертью первородный грех, открыл, таким образом, человечеству возможность спасения. В противоположность католическому учению, где большая роль отводилась внешней стороне религиозной жизни (добродетельному поведению, молитвам, обрядам, таинствам и т.п.), Лютер учил, что оправдание человека совершается одной верой в милосердие Божье. Соблюдение заповедей остаётся непременной обязанностью христианина, но само по себе, без веры, это не имеет никакого значения для спасения. Лютер не отрицал необходимость добрых дел, но считал, что добрые дела являются естественным следствием искренней веры. Изучение Библии и трудов средневековых мистиков привели его к представлению о воле просветлённого человека как отражении единой Божественной воли, о беспрекословном подчинении воли человека Богу и о спасении, достигаемом только верой в заступничество Иисуса Христа без учёта каких-либо заслуг самого человека. Лютер стал утверждать, что Христос – это, в первую очередь, не грозный Судия, осуждающий грешников, а Искупитель, принявший крестную смерть. Для спасения человеку необходимо только уверовать и принимать всё то, что сделал ради него Бог, хотя его собственная греховность никогда не может быть вполне преодолена. Это убеждение и легло в основание богословской системы Мартина Лютера. Но поскольку человек достигает спасения личной верой, в церкви как посреднике между Богом и человеком необходимость отпадала; авторитет церкви у Лютера был заменён авторитетом Библии. С официальной церковной доктриной он расходился в одном пункте: решительно отвергал саму возможность для человека предпринять что-либо, что приближало бы его к спасению. Церковь учила, что через благодать Бог наделяет человека способностью исполнить Его заповеди; человек свободен отвергнуть эту благодать, но если он принимает её и совершает благие дела, то это вменяется ему в заслугу. Лютер же утверждал, что, когда благие дела совершаются с оглядкой на будущее воздаяние, это уже не заслуга, а грех, достойный проклятия.