Выделялась хорошо видная взгляду прихожан роспись западной стены под хорами с многофигурной композицией «Страшный Суд», выдержанной в мелком масштабе, как и иконные сюжетные изображения. Настолпные росписи строились по принципу вертикальных, чётко разграниченных звеньев, заполненных единичными фигурами святых (преимущественно воинов), а вертикали уступов крещатых в плане столпов на всю высоту оформлены узкими орнаментальными цепочками. Одна из специфических черт декорации церкви – необычный для алтарного пространства тематически усложнённый состав изображений, включающий значительную часть двунадесятых праздников, которые обычно размещались в пространстве наоса. Это «Сошествие Святого Духа на апостолов» в люнете восточной стены, расположенное ниже «Преображение», на северной и южной стенах вимы в верхнем регистре – «Введение во храм» и «Сретение», в нижнем регистре южной стены – «Крещение». Исследователи не сомневаются, что выбор этих сцен и включение их в контекст традиционных образов алтаря были обусловлены символикой этой зоны, которая возводилась к Святая Святых ветхозаветного храма. Особый комплекс идей, по мнению исследователей, определил появление в алтарной росписи трёх пар святых целителей: Кира и Иоанна, Космы и Дамиана на северной стене (эти фрески почти не видны, но известны исследователям на основании анализа описания Ю.Н. Дмитриева и акварельных схем), а также Флора и Лавра, представленных с мечами (их фигуры дошли в лучшей сохранности). Ещё в XII в. почитание святых Флора и Лавра приобрело в Новгороде специфический оттенок, сопряжённый с культом врачей-бессребреников. Сцена «Крещение» дополняет «целительскую» часть программы алтарной росписи, напоминая, что освящённое в день Богоявления «водное естество» приобретает целительную силу, которая сохраняется круглый год. Сосредоточенность в алтаре столь развитого состава образов целительской тематики была связана, по мнению исследователей, с посвящением главного престола храма Николаю Чудотворцу. Вера в великую силу этого святого в борьбе со всевозможными скорбями и недугами легла в основу предания об исцелении князя Мстислава Владимировича, совершённом святителем Николаем через его образ на круглой доске, обретение которого связывается с островом Липно. Существенное отклонение от общепринятых схем исследователи видят в росписи конхи апсиды, хотя её центральное изображение – образ Божьей Матери «Знамение» (ныне утрачено; на этом месте – образ Божьей Матери «Живоносный Источник») исследователи считают вполне традиционным для данной части храма. Однако в церкви Липенского монастыря этот образ приобрёл неповторимые черты. В его поле, определённое границами конхи, были введены две фронтальные фигуры.