М.А. Лисицын был редактором первых шести выпусков «Исторической хрестоматии церковного пения», издававшейся книжно-музыкальным магазином П.К. Селиверстова в Санкт-Петербурге (1902–1904 гг.). В эти выпуски вошли несколько десятков концертов и других духовно-музыкальных произведений Артемия Лукьяновича Веделя, Джузеппе Сарти, Степана Аникиевича Дегтярёва, Максима Созонтовича Березовского, иеромонаха Виктора (Высоцкого), Ф.М. Максименко, Василия Михайловича Орлова и архимандрита Иосифа (бóльшая их часть была напечатана впервые). Исследователи отмечают, что в духовно-музыкальном творчестве (сочинениях и переложениях древних распевов) М.А. Лисицын стремился к реализации своих теоретических идей, но его произведения не всегда обладали внутренней стилистической цельностью: в них сочетались черты первых образцов русского многоголосия, итальянского концертного стиля рубежа XVIII и XIX вв. и немецкой хоральной музыки, а также особенности языка немецкой позднеромантической гармонии. Наиболее интересны исследователям следующие музыкальные сочинения М.А. Лисицына: «Херувимская демественная», Пение при архиерейском служении, «Хвалите имя Господне» (№14), «Христос воскресе» абиссинского напева (№16), Задостойник Пасхи (№11), «Покаяния отверзи ми двери» (№13). Произведения М.А. Лисицына исполнялись в Санкт-Петербурге митрополичьим хором под управлением Ивана Яковлевича Тёрнова, любительским хором В.В. Певцовой и др., в Москве иногда звучали в концертах Синодального хора. В 1917 г. М.А. Лисицын стал членом либерального Всероссийского союза демократического духовенства и мирян. На поместном Соборе Российской Православной церкви 1917–1918 гг. Емельян Михайлович Витошинский, возглавлявший подотдел по церковному пению отдела о богослужении, проповедничестве и храме, предложил пригласить М.А. Лисицына в числе музыкантов для участия в работе этого подотдела, что, как полагают исследователи, не было осуществлено из-за нехватки средств.