С этого времени Иконий стал столицей сельджукского султаната, и начался довольно быстрый процесс тюркизации населения Ликаонии. Уже императору Иоанну II в 1130 гг. пришлось покорять местных православных ромеев, ставших подданными султана, проживавших на островах озера Пусгуса. В 1146 г. византийский император Мануил I дошёл с войском до Кавалы, однако отказался от осады Икония из-за вестей о появлении рыцарей второго Крестового похода на западной границе Византии. При этом войско Мануила понесло потери на обратном пути в бою возле ущелья Циврилицимани. В 1159 г. император Мануил возвращался из Киликии через Ларанду и Ликаонию, однако не вступал в конфликт с тюрками. Ещё один поход на Иконий Мануил предпринял в 1176 г., однако он окончился разгромным поражением императора при Мириокефале. В 1190 г. Иконий пытались взять штурмом участники третьего Крестового похода во главе с Фридрихом I Барбароссой. В 1211–1216 гг. южная часть Ликаонии находилась под властью царя Киликийской Армении Левона II, после чего вновь подчинилась сельджукам. На первую половину XIII в. приходится период экономического и культурного расцвета сельджукской Коньи и её окрестностей, на некоторое время прерванный из-за монголького нашествия в середине XIII в. Правители сельджукской державы терпимо относились к своим подданным-христианам, положение церкви в середине XII – XIII вв. несколько улучшилось. Византийский император Мануил I Комнин договорился с султаном Кылыч-Арсланом II о возвращении в Ликаонию многих изгнанных ранее клириков. В сельджукской Конье (Иконии) христиане занимали важные должности и имели престижные профессии (врачи, архитекторы), им позволено было строить новые и восстанавливать старые храмы. Так, на рубеже XII и XIII вв. близ Икония была построена церковь святого Георгия, а в пригороде Силле в 1288/1289 г. основан монастырь, который в различных источниках упоминается то как святого Платона, то как святого Харитона или Пресвятой Богородицы Спилеотиссы. При этом датировка строительной надписи, исследованной в развалинах монастыря, дана по правлению как сельджукского султана Масуда II, так и византийского императора Андроника II Палеолога (1282–1328 гг.) и Константинопольского патриарха Григория II (1283–1289 гг.). Этот же монастырь находился под покровительством мусульманского суфийского Ордена Мевлеви, основанного Джелал ад-Дином Руми. Ситуация для христиан начала ухудшаться в XIV в. Митрополит Икония снова с трудом мог занять свою кафедру, так что в 1327 и 1365 гг. решениями константинопольского Синода управление Иконием передавалось митрополиту Кесарии Каппадокийской. В 1369 г. епископия Мисфии упраздняется, и её территория передаётся в Писидию. В 1370 г. монах Павел Тагарий провозгласил себя митрополитом Икония и стал рукополагать священников. В 1380 г. за прежние проступки был низложен митрополит Маркелл. Его преемник, назначенный в 1382 г., был низложен уже через три года, он переселился в Атталию (Анталью) и был там митрополитом. Некоторая стабилизация наступила лишь в эпоху Османской империи (XV – начало XX вв.): митрополия Икония существовала до 1923 г.