Патроны Люблинского братства использовали благоприятную для православных ситуацию во время «бескоролевья» 1632 г., когда был поставлен вопрос об официальном признании существования православной иерархии, не зависимой от Рима. Частью этой договорённости стало подтверждение традиционного статуса православных братств. В этих условиях участники коронационного сейма, послы Волынского и Брацлавского воеводств, добились от короля Владислава IV Вазы выдачи 15 марта 1633 г. грамоты Люблинскому братству (в преамбуле документа указывалось, что о нём ходатайствуют люди, «вписанные в состав Люблинского братства»). Исследователи полагают, что шляхетские патроны были «старшими членами» братства, как это имело место в основанном в 1617 г. Луцком братстве (текст грамоты короля Владислава IV Вазы поместил в луцкие книги пан Ю. Бойкевич). Подтверждая грамоту Сигизмунда III, Владислав IV внёс в неё важные изменения. Так, клир Спасо-Преображенской церкви и братство были освобождены от власти Холмского униатского епископа и подчинены власти православного Киевского митрополита. Сохранилась запись об освящении каменного здания Спасо-Преображенской церкви Киевским митрополитом Петром (Могилой). В грамоте содержалось разрешение жить при Спасо-Преображенской церкви монахам «как уже есть сейчас». Таким образом, к 1633 г. рядом с церковью был устроен небольшой мужской монастырь, и именно его насельники стали окормлять православных мещан Люблина. В марте 1635 г. король назначил комиссаров, которым предстояло распределить храмы между православными и униатами. В состав той части комиссии, которая должна была действовать на территории Польского королевства, вошли волынские шляхтичи – подсудок луцкий А. Захоровский, ключник луцкий Я. Станишевский и один из главных предводителей православной шляхты Волыни князь Григорий Евстафьевич Святополк-Четвертинский. Комиссары прибыли в Люблин в конце 1635 г. Собравшиеся русские мещане Люблина, проявив единодушие, заявили, что намерены жить «при старой вере, то есть без унии» (Архив Юго-Западной Руси, часть 6, том 1). Комиссары санкционировали своим декретом от 15 декабря 1635 г. существующее положение. В декрете также было отмечено, что православные мещане имеют право быть членами цехов и занимать городские должности. В декабре 1638 г. Холмский униатский епископ Мефодий (Терлецкий) добился королевской грамоты о передаче ему Спасо-Преображенской церкви со всем её имуществом. 8 января 1639 г. епископ «в купе немалой людей арматных» захватил храм, выгнав оттуда монахов, певчих, «слуг церковных и людей убогих» (Архив Юго-Западной Руси, часть 1, том 6). В феврале того же года в суд Луцка обратились с жалобой изгнанный игумен Севастиан (Селицкий) от имени митрополита Петра (Могилы) и князь Г.Е. Святополк-Четвертинский «от всих их милости панов обывателев воеводства Волынского». Захватив храм и его имущество, униаты, не имевшие поддержки среди русского населения Люблина, не смогли организовать там церковную жизнь. Кассиан Сакович в 1642 г. писал, что вместо проживавших ранее при церкви 6–8 монахов в ней находится один малограмотный («idiota») священник, нет ни больницы, ни богадельни. После передачи униатам единственного в городе православного храма жители Люблина, состоявшие в братстве, оказались в тяжёлом положении. Их священников преследовали и заключали в тюрьму, невозможно было крестить детей, получить причастие, больные умирали без исповеди, и их нельзя было хоронить на церковном кладбище.