Впоследствии епископ Арсений (Балабан) сумел стать полноправным львовским иерархом, продолжив мероприятия, направленные на укрепление материального обеспечения епархии, в частности, возобновив судебные тяжбы со шляхтой и с Уневской архимандритией. В 1566 г. Сигизмунд II подтвердил соглашение владыки Арсения со своим сыном, священником Григорием Балабаном, о передаче тому епископской кафедры в будущем. Но после смерти епископа (раньше 16 июня 1569 г.), король предложил на Львовскую кафедру Ивана Лопатку-Осталовского (в монашестве Иона) – кандидата, рекомендованного католическим архиепископом Станиславом Сломовским (1565–1575 гг.). По состоянию на 1 августа 1569 г. он упоминается как архиерей, уже хиротонисанный митрополитом Киевским. Епископ Иона вскоре переехал во Львов, а Григорий Балабан (в монашестве Гедеон), который также получил от короля грамоту с предоставлением прав на владение епархиальным имуществом и поддержку митрополита, был вынужден оставаться в древней резиденции галицких архиереев и наместников – Крылосе. 15 августа 1570 г. король по просьбе архиепископа Станислава Сломовского потребовал от львовского старосты устранить все препятствия, чинимые шляхтичами Балабанами епископу Ионе в епархии. Король негодовал, что многие дворяне не признают нового архиерея и запрещают признавать его власть священникам в своих имениях. Епископ Гедон (Балабан) смог вернуться во Львов и вступить в права епархиального архиерея в 1576 г., только после смерти Ионы. В период архиерейства Гедеона (Балабана) завершилось формирование епархиальной структуры, были определены компетенции церковных учреждений. В доуниатский период (до 1596 г.) во Львове исследователям известны, по меньшей мере, десять православных храмов, настоятели которых состояли во Львовском клиросе: Никольский, Благовещенский, Богоявленский, Феодоро-Тироновский, Параскево-Пятницкий, Воскресенский, Крестовоздвиженский, Вознесенский, Преображенский и Покровский в предместье Голоско. Отдельно учитывались кафедральный собор святого Георгия с архимандритией, Успенский Братский храм, львовский Онуфриевский мужской монастырь, львовский женский монастырь святой Екатерины Александрийской и ещё один не известный исследователям по названию женский монастырь. В Каменце-Подольском на 1565 г. насчитывалось восемь приходских церквей, в Галиче в 1585 г. – семь. Всего же во Львовской епархии к 1580 гг. действовало не меньше 1043 приходов. Продолжил свою деятельность духовный суд, существование которого исследователям известно из судебных бракоразводных дел (в основном, разрешения, полученные львовянами в 1560 гг.) и постановления об отмене епископом Ионой (1 февраля 1575 г.) незаконных браков. Важнейшей стороной деятельности епископа Гедеона (Балабана) стали развитие в епархии печатного дела и унификация богослужебной литературы. Упадок церковной жизни и глубокий внутренний кризис в церкви вызвали и резкое снижение уровня литургической культуры. Существование разных рукописных копий и переводов богослужебных книг множило количество ошибок, одновременно шло широкое распространение литературы других конфессий.