Однако после вооружённых столкновений в Греции в декабре 1944 г. правых и левых сил Леонтий был вынужден оставить своё намерение сотрудничать с АКЕЛ в рамках созданного им в январе 1945 г. Бюро этнархии Кипра, целью которого было освобождение острова. Местоблюститель испытывал всё более сильное давление со стороны правых сил, требовавших анафематствования коммунистов. 11 ноября 1945 г. он обратился с письмами к Синоду Элладской православной церкви, чтобы узнать, осуждалась ли им официально коммунистическая идеология (отрицательный ответ был получен 29 ноября 1945 г.), и к профессору канонического права Г.С. Аливизатосу относительно того, можно ли её осудить с канонической точки зрения. В подробной записке Г.С. Аливизатос изложил, что церковное осуждение политической теории антиканонично, но если через неё распространяются антирелигиозные идеи, то пастырям необходимо вести просветительскую работу в данном направлении. 12 февраля 1946 г. Леонтий обратился к киприотам с посланием, в котором заявил, что «некоторые крайние проявления коммунистической теории достигли пределов антихристианской пропаганды», и призвал их быть бдительными. После окончания Второй мировой войны стало ясно, что англичане не собираются предоставить Кипру независимость. Для переговоров о статусе Кипра была сформирована делегация киприотов во главе с Леонтием, которая в декабре 1946 г. – марте 1947 г. посетила Лондон и Афины. Но её усилия оказались безрезультатными. В конце 1946 г. митрополит Макарий Киринийский получил разрешение вернуться на Кипр, а Константинопольский патриархат делегировал митрополита Иоакима Деркского для формирования временного Синода, и таким образом стало возможно провести канонические выборы архиепископа Кипра. Митрополиты Леонтий и Макарий договорились в них не участвовать. Однако значительная часть киприотов настаивала на избрании Леонтия, который к тому времени приобрёл большой авторитет у жителей Кипра. Вопреки воле Леонтия его кандидатура была выдвинута народными представителями, и 20 июня 1947 г. он был избран на архиепископскую кафедру. Во избежание конфликта с митрополитом Макарием Киринийским, обвинившим местоблюстителя в нарушении данного им слова, Леонтий отказался занять эту должность. Отказ Леонтия грозил новым церковным кризисом, но в результате переговоров и посредничества митрополита Иоакима Деркского стороны пришли к соглашению, и Леонтий стал архиепископом Кипра. 26 июня Леонтий отказался участвовать в Совещании глав и представителей православных церквей в Москве, сославшись на то, что созывать подобные собрания имеет право только Константинопольский патриарх. Требуя «энозиса и только энозиса», Леонтий выступал за бойкот тех незначительных преобразований на острове, которыми собирались ограничиться британские власти. Поэтому 12 июля 1947 г. он издал обращение, призывая греко-киприотов воздержаться от участия в Совещательном собрании, организованном колониальными властями. 26 июля Леонтий, страдавший от хронической болезни, скончался. Леонтий является автором многочисленных статей на греческом языке (опубликованы, главным образом, в журнале «Апостол Варнава», который он возглавлял) и исследования на английском языке.