В связи с участием в этих мероприятиях Леонтий оказался за пределами Кипра во время антибританского восстания, которое произошло в октябре 1931 г. Поэтому он не был отправлен в ссылку вместе с митрополитами Никодимом Китийским и Макарием Киринийским (впоследствии архиепископ Кипрский Макарий II). Тем не менее, разрешение вернуться на остров Леонтию удалось получить только 8 июня 1932 г., после настоятельных просьб к британским властям архиепископа Кирилла III. Когда временный губернатор пожелал встретиться с прибывшим на Кипр Леонтием, тот отказался под предлогом болезни и отправился из Никосии в Пафос, проигнорировав приглашение. Поскольку Леонтий продолжил политическую деятельность, призывая паству к энозису, в ноябре 1932 г. британские власти устроили суд над непокорным иерархом. После смерти 16 ноября 1933 г. Кирилла III Леонтий остался единственным архиереем на Кипре и стал местоблюстителем архиепископской кафедры. Попытки Леонтия организовать выборы предстоятеля Кипрской православной церкви встретили противодействие как со стороны губернатора Герберта Ричмонда Палмера, установившего на острове диктаторский режим, так и со стороны сосланных митрополитов, которые были основными претендентами на архиепископский престол (см. подробнее в ст. Кипрская православная церковь). В 1938 г. Леонтий снова был вызван в суд «за возмущение общественного спокойствия» и приговорён к ограничению передвижения в пределах района Ктима в Пафосе сроком на год. Из Пафоса Леонтий управлял церковью, назначив своих представителей в Никосии, Пафосе, Ларнаке и Киринии. Поскольку Леонтий произносил патриотические речи, то новый суд, состоявшийся в мае 1939 г., приговорил его к ещё одному году ограничения передвижения. В 1939 г. Леонтий преобразовал в киновию монастырь Пресвятой Богородицы Троодитиссы и переселил туда часть братии из монастыря Ставровуни, который местоблюститель часто любил посещать. У Леонтия была тесная духовная связь с подвизавшимся в Ставровуни иеромонахом Киприаном (Хадзигеоргаллисом; ум. в 1955 г.). В условиях Второй мировой войны чрезвычайный режим на Кипре был отменён, англичане и киприоты вместе сражались «ради общей победы», у киприотов появились надежды на послевоенное изменение политического строя. В те годы соответствующим образом изменилась и позиция Леонтия по отношению к британским властям. В 1941 г. Леонтий учредил Народный Совет Кипрской церкви из представителей шести округов – совещательный орган при местоблюстителе. В период местоблюстительства Леонтия большую роль в церковной жизни играли епархиальные комиссии, в которых участвовали миряне. Леонтий считал, что церковь должна оставаться вне партийной борьбы. В речи от 15 ноября 1944 г. он заявил, что церковь не имеет права предать анафеме кипрскую коммунистическую партию АКЕЛ, потому что коммунизм является социально-политической системой, а не ересью, и он не был осуждён ни одним из вселенских Соборов. Леонтий упомянул, что греческий король поддерживает отношения с правительством СССР, а православные патриархаты – с Русской православной церковью, которая сотрудничает с советской властью.