Общепринятые в маронитской историографии утверждения о создании самостоятельной Маронитской церкви легендарным «отцом нации» Иоанном Мароном в конце VII в. исследователи называют поздним мифом. Собственная иерархия возникла у маронитов после восстановления православного Антиохийского патриаршего престола в середине VIII в. и попыток патриарха Феофилакта бар Канбары вернуть в православие сторонников монофелитства. Исследователи предполагают, что в начале IX в. во время смут в халифате, которые нанесли тяжёлый удар по монашескому движению всех восточно-христианских исповеданий, монастырь святого Марона был разрушен. Под давлением внешнего окружения марониты постепенно покинули большие города, плодородные равнины внутренней Сирии и сконцентрировались в труднодоступных Ливанских горах. За отсутствием источников датировки миграционных процессов размыты; некоторые историки относят их к X–XI вв. Так или иначе, по состоянию на конец XI в. маронитская община занимала достаточно ограниченный ареал Северного Ливана и прилегающих районов долины Оронта с центром в Кафртабе около Апамеи. Ряд арабских родоплеменных групп (в частности, танухиды) были расселены властями халифата в горах Южного Ливана для охраны дорог и обороны региона от угрозы с моря. Со временем арабы смешались с автохтонным арамейским населением, которое восприняло ислам и оформилось в военизированное сообщество, подобное тому, что было создано раньше мардаитами. Этнокультурный синкретизм и преобладание высокогорных ландшафтов, затруднявших связи с городской цивилизацией равнин, способствовали распространению в регионе гетеродоксальных религиозных течений. Долина Бекаа, хребет Амиль, многие районы Центрального и Северного Ливана, включая Триполи, были заселены мусульманами-шиитами. При Омейядах и Аббасидах они подвергались преследованиям как еретики, в халифате же Фатимидов шиизм исмаилитского толка стал господствующим исповеданием. В 1017 г. фатимидский халиф аль-Хаким был объявлен воплощением Аллаха, однако это учение не нашло поддержки в Египте, и после таинственного исчезновения халифа в 1021 г. сторонники обожествления аль-Хакима подверглись гонениям со стороны властей. Они подняли ряд крестьянских восстаний в Сирии, которые были подавлены, и в итоге нашли убежище среди горцев Южного Ливана, принявших их вероучение. К середине XI в. приверженцы новой доктрины оформились в строго обособленную общину друзов. В 1070 гг. власть Фатимидов во внутренних районах Сирии пала под натиском турок-сельджуков. В Суре и Триполи возникли самостоятельные государства во главе с шиитскими кади. Правитель Сура Ибн Аби Акиль продержался до 1089 г., когда Фатимиды вернули под свой контроль побережье от Газы до Бейрута. Клан Бану Аммар удерживал Триполи и прилегающие города до прихода крестоносцев.