Как формальный глава УАПЦ, В.К. Липковский имел очень ограниченные полномочия. Фактическими руководителями церковной организации автокефалистов были глава ВПЦР М.Н. Мороз (до 1924 г.) и «благовестник» В.М. Чеховский, в тот период тесно связанные с ГПУ, а впоследствии репрессированные. В.К. Липковский занимался организацией на Украине автокефалистских общин и руководил на местах захватами православных храмов. Первоначально советские власти содействовали УАПЦ, используя её против патриаршей церкви. Тем не менее, иногда прямые насильственные акции автокефалистов, провоцировавшие беспорядки, вызывали у властей негативную реакцию. В ночь на 5 февраля 1923 г. В.К. Липковский был первый раз арестован в городе Богуслав (по другим данным – в селе Михайловка под Богуславом) по обвинению в организации захвата его сторонниками Вознесенского собора в городе Переяслав (ныне Переяслав-Хмельницкий) 2 января того же года. Его поместили в комендатуре богуславского отдела ГПУ, но уже 26 февраля выпустили на поруки ВПЦР. Уже через два дня после освобождения В.К. Липковский снова принял участие в захвате автокефалистами храма в местеске Борисполь Полтавской губернии (ныне город Киевской области). Участвовал в насильственных захватах храмов и в дальнейшем. В декабре 1925 г. в Харькове В.К. Липковский был арестован второй раз. Его обвинили в «антисоветской переписке» с представителями УАПЦ в Западной Европе – Сергеем Павловичем Шелухиным и Е. Бачинским. В январе 1926 г. В.К. Липковский был освобождён из тюрьмы. После того как В.К. Липковский и ВПЦР обратились в НКВД с декларацией о «лояльности и преданности советскому строю», опубликованной в киевском журнале «Коммунист», 10 декабря 1926 г. был зарегистрирован устав УАПЦ в качестве централизованной организации (ранее регистрацию имела только ВПЦР). Это давало автокефалистам преимущества перед патриаршей церковью, не имевшей тогда официального статуса. 15 января 1927 г. было разрешено издание журнала УАПЦ «Церква й життя», тогда как каноническая церковь была лишена права иметь свой печатный орган. Также УАПЦ получила от местных властей ещё ряд храмов в Киеве. Одновременно государственная власть установила полный контроль над деятельностью автокефалистов, инициировав кадровые изменения в «самосвятской» иерархии. 21 октября 1927 г. решением второго «Всеукраинского собора» УАПЦ В.К. Липковский был уволен на покой. Одновременно происходил пересмотр идеологии «липковцев». Делались заявления о неправильном понимании В.К. Липковским идей церковной соборности. В марте 1928 г. на собрании ВПЦР В.К. Липковский был обвинён в использовании «церковной соборноправности и демократии не во благо церкви, что привело к церковному самоуправству на местах, к развращённости духа». В ноябре того же года ВПЦР приняла постановление о запрете В.К. Липковского в священнослужении, что подтвердил окружной «собор» УАПЦ. В январе 1930 г. «Чрезвычайный ликвидационный собор» УАПЦ, принявший решение о самороспуске автокефалистской церкви из-за её «контрреволюционной деятельности», объявил В.К. Липковского «иудохристопродавцем». В 1929 г. В.К. Липковский, выселенный из квартиры при Софийском соборе, переехал на Соломенку. Он находился фактически в изоляции, мало с кем общался. При этом поддерживал переписку с некоторыми представителями УАПЦ в США и Канаде, что безусловно фиксировалось органами государственной безопасности.