Закон, составленный и подписанный являвшимся в тот момент главой правительства Директории Владимиром Моисеевичем Чеховским, предусматривал создание УАПЦ, административно и финансово зависимой от националистических властей. В.К. Липковский вошёл в сформированный решением Директории «Украинский высший церковный синод». Однако уже в начале февраля 1919 г. войска националистов потерпели поражение от Красной Армии. В.К. Липковский остался в Киеве, где установилась советская власть. В марте того же года стал одним из руководителей автокефалистского кружка в Киеве. На его основе в дальнейшем была образована «Украинская церковная община», которая обратилась к советским властям с просьбой о регистрации в качестве прихода. Просьба была удовлетворена; общине передали бывший военный Николаевский собор на Печерске. 17 апреля было провозглашено воссоздание ВПЦР, которая объявила себя высшим церковным органом по организации украинских национальных приходов. Председателем новой ВПЦР стал сотрудник Киевского губисполкома Михаил Николаевич Мороз, а В.К. Липковский – одним из его заместителей. 22 мая 1919 г. в Николаевском соборе В.К. Липковский торжественно провёл первое богослужение на украинском языке. В июне местные власти передали сторонникам ВПЦР киевский Андреевский храм и древний Софийский собор, настоятелем которого стал В.К. Липковский. Его сторонникам удалось захватить большинство помещений митрополичьих палат Софийского собора, в одной из которых поселился с женой сам В.К. Липковский. Прежняя община Софийского собора была вынуждена проводить службы поочерёдно с автокефалистами. В дальнейшем споры о пользовании храмами между православными приходами и общинами, признающими ВПЦР, практически всегда решались властями в пользу автокефалистов, несмотря на сопротивление законных настоятелей и приходских советов этих церквей. 29 июня в Софийском соборе В.К. Липковский впервые совершил литургию без благословения и вопреки предупреждению о её нежелательности временного управляющего Киевской епархией Черкасского епископа Назария (Блинова). Через несколько дней состоялись переговоры делегации автокефалистов во главе с В.К. Липковским с епископом Назарием (Блиновым) и викариями Киевской епархии епископами Уманским Димитрием (Вербицким) и Каневским Василием (Богдашевским). В.К. Липковский не внял увещеваниям архиереев повиноваться распоряжениям церковной власти и заявил о готовности пойти на открытый раскол. В связи с отступлением Красной Армии и занятием Киева в конце августа 1919 г. войсками генерала Антона Ивановича Деникина В.К. Липковский выехал в Каменец-Подольский, где располагалась Директория, и вошёл в состав руководства Министерства культов в правительстве Симона Васильевича Петлюры. После нового наступления Красной Армии в декабре 1919 г. В.К. Липковский вернулся в Киев. Советские власти передали автокефалистам в дополнение к уже захваченным ими храмам киевские Ильинскую и Петропавловскую церкви. 5 января 1920 г. ВПЦР успешно прошла перерегистрацию в Киевском губревкоме под названием «Всеукраинское сообщество православных парафий». Кроме киевских приходов ей подчинялись единичные украинские общины автокефалистов в Каменце-Подольском, Николаеве, Одессе, Полтаве. 30 апреля того же года В.К. Липковский и другие иереи, сторонники ВПЦР, были запрещены управляющим Киевской епархией епископом Назарием (Блиновым) в священнослужении. 25 марта 1921 г. епископ Назарий (Блинов) издал указ о лишении В.К. Липковского священного сана. 5 мая того же года ВПЦР в обращении к украинским верующим «отреклась» от епископата «московской духовной власти» и провозгласила создание УАПЦ под своим управлением.