В актах унии не затрагивался вопрос о религиозной принадлежности жителей Великого княжества Литовского и Польши, однако он был поднят на Сейме в Люблине, когда обсуждались условия вхождения в Польское королевство южных воеводств Великого княжества Литовского. Выступая от имени представителей Волыни, князь Константин Константинович Вишневецкий указал на необходимость определённых гарантий для православных «греков», чтобы их из-за религиозной принадлежности не принижали и не заставляли принимать другую веру. Эти пожелания были учтены при подготовке привилеев, оформлявших включение Волыни и Киевщины в состав Польского королевства. Так, в привилеях, где говорилось о распространении на новых жителей Польского королевства положения об освобождении от налогов и повинностей в соответствии с польскими «вольностями», отмечалось, что всем этим должна пользоваться и шляхта и «duchowne stany t rymskiego i greckiego zakonu». Здесь же указывалось, что шляхтичи земли как «греческой», так и «римской» веры сохраняют все свои права, в том числе право занимать разные должности («уряды»). Привилеи содержали также обязательство полностью сохранять на территории земли все должности, светские и духовные, великие и малые, «римские» и «греческие». Тем самым власть поддерживала традиционно сложившиеся на этих землях межконфессиональные отношения. Именно так понимали установление православные полемисты – противники унии, – которые видели в действиях королевской власти, предпринятых после заключения Брестской унии,нарушение этих обязательств. Ближайшие и более отдалённые последствия Люблинской унии имели для судеб православия на украинских землях разное значение. Последние десятилетия XVI в. на землях, вошедших в состав Польского королевства, оцениваются как время, благоприятное для православия. В условиях, когда связи с Великимо княжествм Литовским, где господствовала литовская католическая знать, были разорваны, а связи с Польским королевством только устанавливались, главной силой на этих землях стала местная (большей частью православная) знать во главе с князем Константином Константиновичем Острожским, которая в лице своих лучших представителей оказывала активную поддержку православной церкви. Но на рубеже XVI и XVII вв. обстановка изменилась к худшему. Владения местной знати постепенно переходили в собственность польских магнатов, которые всё чаще занимали важные административные посты на этих территориях. Королевская власть в их лице получала социальную опору для своей политики распространения и насаждения унии.