В начале 1947 г. Леонтий прибыл в Парагвай. В селении Капитан-Миранда, примерно в 12 км от города Энкарнасьон, создал иноческое братство во имя преподобного Феодора Студита, в которое входили пять человек, в их числе будущий Эдмонтонский епископ РПЦЗ Савва (Сарашевич). Здесь братией был воздвигнут храм во имя архистратига Михаила. 29 апреля 1947 г. в ответ на прошения от 41 прихожанина из Буэнос-Айреса архиерейский Синод поручил Леонтию создание монастыря в Аргентине. Однако на заседании 15 июля того же года это послушание было снято с Леонтия ввиду невозможности длительных отлучек из вверенного ему викариатства. Из-за конфликтов с архиепископом Феодосием (Самойловичем) 23 июля 1949 г. Леонтий написал в архиерейский Синод заявление о своём выходе из его подчинения. 24 июля того же года Леонтий сослужил в Буэнос-Айресе протопресвитеру Константину Гавриловичу Изразцову и был принят в состав Североамериканской православной митрополии (см. ст. Православная церковь в Америке) с титулом «епископ Аргентино-Парагвайский». 10 августа 1949 г. Леонтий был запрещён в священнослужении архиерейским Синодом РПЦЗ и 16 августа отдан под церковный суд. 7 сентября в письме первоиерарху РПЦЗ митрополиту Антонию (Грибановскому) Леонтий выразил своё раскаяние и желание вернуться в РПЦЗ. 14 сентября архиерейским Синодом запрещение было снято, а 22 декабря судебное дело против Леонтия прекращено. Парагвайское викариатство было выделено в самостоятельную епархию под управлением Леонтия. Условия жизни в Парагвае были тяжёлые, местные жители не были расположены к Леонтию. На заседании 2 марта 1950 г. архиерейский Синод удовлетворил ходатайство Леонтия об освобождении его от управления Парагвайской епархией с переводом на новое место служения и назначил его епископом Эдмонтонским и Западноканадским, викарием Канадской епархии, а занимавший Эдмонтонскую епархию архиепископ Иоасаф (Скородумов) был назначен в Аргентину. Из-за сложности оформления необходимых для переезда документов и нестабильного политического положения прибыть к назначенному месту служения Леонтий не смог. 8 мая 1950 г. архиерейский Синод отклонил прошение Леонтия о выходе за штат. В 1951 г. Леонтий переехал из Парагвая в Аргентину. 21 октября 1953 г. архиерейский Собор РПЦЗ назначил Леонтия епископом учреждённой Чилийской и Перуанской епархии. В начале 1954 г. Леонтий прибыл в Чили. 16 октября 1955 г. в Лиме был освящён Свято-Троицкий храм. Однако в результате происшедшего в приходе конфликта в 1958 (по другим данным, в 1963) г. храм перешёл в введение Североамериканской митрополии. В 1957 г. Леонтий освятил участок для русского православного кладбища в пригороде Сантьяго Пуэнте-Альто. 23 августа 1957 г. архиерейский Синод РПЦЗ возвёл Леонтия в сан архиепископа.